序列分析和BLAST.docVIP

实验一： 利用uniprot数据库查看当前蛋白质数据库都包含哪些信息。 下面是一个蛋白质的例子（/uniprot/P10962） 进入ncbi网站：/。NCBI是生物技术信息中心，请先了解一下它的各项资源。 实验二： 病毒逆转录酶（如HIV-1的pol）具有人类同源物。将HIV-1的pol蛋白（NCBI refseq号：NP_057849）和人类的pol多聚蛋白（uniprotKB号：P10266）做BLAST 2 Sequences 双序列比对。 试着改变打分矩阵，看看结果的变化。Blosum矩阵和PAM的结果有什么不同？ 提示：1，由NCBI主页进入BLAST（点击BLAST）： 2, 然后选择Protein BLAST： 点击Align two or more sequences： 最后界面为： 在两个输入框分别输入蛋白质序列或对应蛋白质的数据库编号（此例中为NP_057849和P10266），然后点击按钮。 实验三： 用retinol-binding protein 4（RBP4）蛋白质为例子来观察DNA比对和蛋白质比对的差异。用RBP4蛋白质序列（NCBI refseq号：NP_006735）和DNA编码序列（NCBI refseq号：NM_006744）分别作blastp和blastn，将物种限制为昆虫（Arthropoda）。哪一个检索返回更多的满足阈值的匹配（期望值E设为1）？找出一个RBP4的同源基因，然后跟RBP4分别做蛋白质和核酸双序列比对，观察DNA比对和蛋白质比对的差异。 实验四： 多结构域蛋白质的BLAST检索。 retinol-binding protein 4（RBP4）是单结构域蛋白质，而病毒逆转录酶（如HIV-1 pol）是多结构域蛋白质。这两个蛋白质分别做BLAST检索，仔细观察结果有什么不同？为防止返回结果太多，可以减少搜索范围，比如小鼠（mouse）或细菌。 实验五： 利用人类RBP4蛋白质为例子了解PSI-BLAST和BLASTP的流程，该蛋白质编号为NP_006735。看看第一次的PSI-BLAST的循环所返回的结果和BLASTP是不是相同。注意每次BLAST的结果都可以保存，其中PSI-BLAST循环所产生的PSSM矩阵也可以保存。 了解基本流程后，可以做下面实验：寄生虫Plasmodium vivax有一个多基因家族vir为其所特有。这些基因有600～1000个拷贝，他们可能会通过抗原变异导致慢性感染。选择vir1在非冗余数据库中blastp搜索，然后用同样的输入进行PSI-BLAST搜索。 在最初的搜索中，大约有多少个蛋白质的E值小于0.002，多少大于0.002？ PSI-BLAST搜索第一轮和第二轮循环之间增加的最好的新序列的分值是多少？ ACCESSION： CAB96690 实验六： 以人类视黄醇结合蛋白为例学习PHI-BLAST搜索。请选择PHI-BLAST，输入NP_006735进行搜索，第一次先不要输入PHI模式。然后再做第二次PHI-BLAST搜索，这次在输入框中加入下列模式：GXW[YF][EA][IVLM]。仔细观擦两次返回的结果有什么不同。 PHI-BLAST的返回结果能不能作为PSI-BLAST的输入？这样做有什么好处？ 实验七： 1. 创造一个人工蛋白质序列，包含两个不同的结构域。将这个联合序列进行BLAST搜索和PSI-BLAST搜索。自然界存在同时含有你选择的两个结构域的蛋白质吗？ PSI-BLAST在搜索多结构域蛋白质时，表现如何？ 请选择下面的结构域对做实验： PF02310和PF04055，或者PF01535 和PF07654，或者PF01363和PF00169。它们代表Pfam数据库的结构域，可以去该数据库获取它们的某个蛋白质序列。 2. 挑选一个多结构域蛋白质，如HIV-1 pol（NP_057849），利用它来做BLAST和利用它的某一个结构域做blast有什么不同？PSI-BLAST搜索中又有什么不同？ 作为例子，你也可以选择芽胞杆菌的内切壳多糖酶（A0A1H0），它也是一个多结构域蛋白质。 下面的蛋白质都可以作为例子来搜索： A0CRI7 B6QX46 A0CRN1 A4FYD0 Q4VAN1 O93120 Q4WPG2 P08315 C8LBR7 P13605 作业 测试对NCBI的了解。你想研究一个基因，你想确定它在哪些组织中表达，下面那个资源可以帮你最直接地获取这类信息？如果你需要文献信息，下面哪个数据库是你最佳的访问站点？如果你需要蛋白质结构信息，下面哪个数据库是你最佳的访问站点？ 从以下选项中选择： Unigene；Entrez；LocusLink;OMIM; Taxonomy；PDB；Pubmed Lipo