NTI使用手册中文版.doc

第一章 安装和执行程序 第一章　安装和执行程序　 Vector NTI 目前为网络版本，需要连到主机确认用户权力后才能运作。厂商并没 有针对授权时间进行限制， 因此只要设定好 License Server 的相关设定即可使用， 不 需要额外进行申请。但用户 IP 位置必须位于海洋大学校内，方可与授权服务器联机。 请下载下面这个档案进行安装 .tw/Vector NTI Advance 10.exe 以下将说明如何设定的过程，变更为自服务器取得授权的方式： 1.选取开始→程序集→Invitrogen→Vector NTI Advance 10→License Manager(图 1.1)。图 1.1 授权设定 2.在 Applications 页面中(图 1.2)，点选下面的 Dynamic 按钮，上面四个字段请填 上使用者的姓名，系所单位，电话和电子邮件位置，最下面一栏 URL of DLS 请入以 下字符串： .tw:8080/vntidls.cgi。 DLS Server requires authentication 目前不需要勾选。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 1 Vector NTI 教育训练手册 图 1.2 授权设定窗体 3.在 Internet Settings(图 1.3)里面建议选取 Direct Connection，这样当 IE 设定 Proxy 之后，才不会导致 Vector NTI 因为 IP 不在校内而不能联机。图 1.3 Vector NTI 授权网络设定 　　 4.设定之后可以点选 Test Connection，程序会自动联机测试，如果在右边的联机结 果显示 Connection OK(图 1.4)，就表示设定成功；如果显示 Connection error，则 表示联机不成功，如果有开启防火墙/防病毒软件，请关闭或调整设定后再试一次。图 1.4 Vector NTI 授权网络设定，成功右下角会显示 Connect OK .tw/CMBB_REFIX/main/nti 2 第一章 安装和执行程序 5.设定成功后，在 Dynamic license 的页面记得按下 Apply，最后在 Applications (图 1.5)把所有项目的 Demo mode 改成 Dynamic license。图 1.5 授权设定，将所有的 Demo mode 改为 Dynamic license 　　　 6.依上述流程开启 Vector NTI 应该都可以正常用户许可证运作， 如果发生联机问题请 与本中心的人员联络。 　 联机设定完成后就可以开始执行程序来操作了， 首先 NTI 的文件夹有许多项目可 供选择：其中一个为主程序(Vector NTI)，而其他的功能项目是附加在主程序底下，可 以各别开启操作，也可以在主程序下面执行(图 1.6)。图 1.6 Vector NTI 主程序及附属程序 各别开启 主程序开启 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 3 Vector NTI 教育训练手册 首次进入主程序后系统将提示是否允许将新数据填入Vector NTI数据库中，点选 OK。这样DNA molecules， proteins， enzymes， oligos，and gel markers 将组成NTI 的 数据库，并出现下列三个窗口(图1.7)。图 1.7 左边为文字窗口，右边为图谱窗口，下方为序列窗口 图谱窗口 文字窗口 序列窗口 　　 　 　这三个窗口为文字窗口、图谱窗口和序列窗口。文字窗口会将分析结果，作简 单的文字叙述，并且可以自动做注记；图谱窗口会将序列以一个卡通图形进行说明， 同时具有绘图的功能；序列窗口会将分析结果，标定在序列上面，以序列呈现出来。 　 　接下来就是将序列加载程序中，我们可以将实验或是搜寻所获得的序列数据放 进程序，本文将以一个针对斑马鱼基因筛选实验所得到的序列作为范例。加载序列最 直接的方式是从程序的左上角点选File→Open将序列档案开启，但是注意档案必须为 GenBank/GenPept， EMBL/SWISS-PROT 或FASTA、ASCII等格式，要在符合格式的 情况下才能顺利开启序列。另一种方式是用剪贴的方式将序列贴入程序中，将在第二 章介绍。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 4 第二章 数据库建立和储存序列 第二章　数据库建立和储存序列　 在了解主程序的样子之后，接下来必须要先了解 NTI 的数据是如何储存和读取， 并且建立自己的序列数据库。 NTI 的程序中会有一个内建好的数据库， 在 同时把 存盘的路径预先设定在数据库的位置之中。我们自身主机的数据库叫做 Local Database，同时 NTI 提供了数据