用支持向量机预测人类基因53选择性剪切位点.pdfVIP

·790 · 现代生物医学进展 Progress in Modern Biomedicine 2007 Vol.7 No.5 技术与方法 用支持向量机预测人类基因5/3 选择性剪切位点* 杨乌日吐 李前忠 刘 利 樊国梁 内蒙古大学理工学院物理系 呼和浩特0 10021 ） ： 。识别选择性剪切位点是后基因组 代的一个重要工作。本文从最新的 摘要 选择性剪切是调解基 表达的重要机制 EBI 人类基 选择性剪切数据库中，选取5/3 选择性剪切位点作为正集，选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集，并把所有的选择性剪 切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集。本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持 向量机方法。此方法仅基于训练集，以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数，利用位置权重矩阵和离散 增量算法结合支持向量机，得到了选择性供体位点和受体位点的分类器，并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位 点进行预测。对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88.74%和 90.86% ，特异性分别为 85.62%和81.19%。本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率，此预测方法进一步提 高了对选择性剪切位点的理论预测能力。 关键词：选择性剪切；供体位点；受体位点；支持向量机 ： ： ： 中图分类号 Q 61 文献标识码 A 文章编号 1673-6273（2007 ）05－0790－03 Using Support Vector Machine to Predict Alternative 5/3 Splicing Sites of Human Genome YANG Wu-ri-tu, LI Qian-zhong , LIU li, FAN Guo-liang （Dep artment of Physics, Colleg e of Sciences and Technolog y,the Inner Mong olia University,Huhehot, 010021, the Inner Mong oliaAutonomous Reg ion,China ） ABSTRACT: Alternative splicing, which makes the same DNA sequence to product more than one protein sequences, plays an important role in regulating gene expression. Recognition of alternative splicing sites is one of the most important work in postgenome era. In this paper, the alternative 5/3 splicing sites （alternative donor/acceptor sites ）obtained from the latest human al原 ternative splicing database of EBI were selected as the positive set, and the pseudo splicing sites and flanking splicing sites were se原 lected as the negative set. The pseudo