分子生物学数据库及相关软件的开发利用(论文资料).pdfVIP

遗传990416 遗传 logo.gif (3178 bytes) HEREDITAS qklogo.gif (1778 bytes) 1999年　第21卷　第4期　Vol.21　No.4　1999 分子生物学数据库及相关软件的开发利用 李兵　罗静初　潘卫　唐汶　顾孝诚 The Development and Utilization of Molecular Biology Databases and Related Softwares 1 1 1 1 1 LI Bing, LUO Jing-chu, 　PAN Wei, 　TANG Wen, 　GU Xiao-cheng 1.The National Laboratory of Protein Engineering and Plant Genetic Engineering,Peking University; LI Bing,2 2.Computer Center,Peking University,Beijing100871,China 　　生物大分子序列和结构测定技术的完善和应用，使核酸及蛋白质序列数据库及蛋白 质结构数据库迅速增长。面对不断增长的分子生物信息，很多生物学工作者又在此基础 上构建了具有特殊生物学意义和专门用途的二次数据库，使得数据库的内容和种类更加 丰富和具体，为生物学各个领域的深入研究提供了坚实的信息基础。由法国生物信息研 〔1〕 可以使用户对目前世界各地提供的分 究中心Infobiogen提供的生物数据库目录dbcat 子生物信息数据库有一个详尽的了解。dbcat本身也是一个具有一定数据格式的数据 库，按DNA、RNA、蛋白质、基因图谱、结构、文献等等分类，对每一种数据库的作 者、联系地址、何处获取等信息都有具体的说明。目前, dbcat数据库中包含了400多种生 物信息数据库的记录。同时, 针对这些生物数据库而开发的应用软件也层出不穷。这些 软件的充分利用，将成为生物工作者的有力工具。由英国欧洲生物信息研究所EBI提供 〔2〕 对这些软件进行了详细的描述。Biocatalog本身也是具有 的生物软件目录Biocatalog 库搜索、分子进化、分子建模、结构预测、序列格式转换等。每一种软件都有作者、联 收集的软件已达有500多个。大量数据库和软件都可以通过计算机网络获取。欧洲、美 国等许多生物信息中心设有很多站点，以WWW、FTP和E-mail等方式为用户提供各种 数据库和应用服务。由于国内网络设施、传输速度、上网费用等诸多因素的限制，这些 信息资源还不能被充分利用，自己测定的序列也不便提交国外服务器处理。在本单位计 算机工作站或网络服务器上安装一些常用的分子生物信息数据库和应用软件，是解决上 述问题的途径之一。对那些专有数据需要保密的单位，更有必要建立本地数据库服务系 统。 　　1997年以来，作为欧洲分子生物学网络组织中国节点，我们在北京大学生物信息中 心的网络服务器上安装了核酸、蛋白质序列、结构等近40个数据库和SRS、GCG、 〔3〕 ，积累了一些经验。本文对如何在本地安装数据库和软件作简要 Staden等有关软件 :33 遗传990416 介绍。 1　数据库 　　从数据库的种类来看，核酸和蛋白质序列数据库是最基本的数据库，很多专用的