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《nanotubes》.pdf
University of Illinois at Urbana-Champaign
Beckman Institute for Advanced Science and Technology
Theoretical and Computational Biophysics Group
Simulation of Water
Permeation Through
Nanotubes
Jordi Cohen
Fangqiang Zhu
Emad Tajkhorshid
October 2007
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Contents
1 Initial Setup 3
2 Description of the system 3
3 Water diffusion and permeation through nanotubes 5
3.1 Submit your simulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
3.2 Water diffusion in equilibrium . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
3.3 Simulation with induced pressure difference . . . . . . . . . . . . 8
3.4 Water properties in modified nanotubes . . . . . . . . . . . . . . 10
4 “Decorating” the nanotubes 11
4.1 Running a simulation with AutoIMD . . . . . . . . . . . . . . . . 11
4.2 Modifying the charges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
4.3 Experimenting with different charge configurations . . . . . . . . 15
4.4 Modifying the VdW parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
4.5 Experimenting with
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