《Compass力场简介》.doc

Introduction to COMPASS Forcefield Liang Taining, Yang Xiaozhen(Center for Molecsclar Science, Institute of Chemistry, Beijing 100080) Abstrat COMPASS forcefield is the new kind forcefield developed for the Condensed-phase Optimized Molecular Potentials. It is the first ab initio forcefield that enables accurate and simultaneous prediction of structural, conformational, vibrational, and thermophysical properties for a broad range of molecules in isolation and in condensed phases. It is also the first high quality forcefield that consolidates parameters for organic and inorganic materials previously found in different forcefields. This forcefield includes the most common organics, inorganic small molecules, polymers, some metal ions, metal oxides and metals.Key words COMPASS, Molecular forcefield摘要 COMPASS力场是最近发展的适合凝聚态应用的一个全新的分子力场。它是第一个基于从头计算、能够准确预报孤立态和凝聚态分子的分子结构、构象、振动、热力学性质的分子力场。COMPASS力场也是第一个把以往分别处理的有机分子体系的力场与无机分子体系的力场统一的分子力场，能够模拟有机和无机小分子，高分子，一些金属离子、金属氧化物与金属。关键词 COMPASS 分子力场 分子力场——COMPASS简介* 梁太宁 杨小震**(中国科学院化学研究所 分子科学中心 100080) ??? 在分子模拟中经常要模拟成千上万个原子的分子体系。显然，与量子力学和半经验方法相比，分子力学有能力处理大分子体系并且可以大大节省计算时间。分子力学是从经典力学的观点来描述分子中原子的拓扑结构。它是通过分子力场(molecular force field)，这个分子模拟的基石来实现的。分子力场是原子尺度上的一种势能场，是由一套势函数与一套力常数构成的。由此描述特定分子结构的体系能量。该能量是分子体系中成键原子的内坐标的函数，也是非键原子对儿距离的函数[1]。最早分子力学的方法似乎可以追朔到双原子分子的振动光谱的计算。分子力学方法系统地发展还是在50年代以后。通过选择一套势函数和从实验中得到的一套力常数，从给定的分子体系原子的空间坐标的初值，用分子力场描述的体系总能量对原子坐标的梯度，就可以通过多次迭代的数值算方法来得到合理的分子体系的结构。这样一个在物理上十分清楚的方法能否用到材料科学领域，关键在于分子力场能否描述广泛的材料分子。??? 分子力场近年来的发展[2-5]才使分子力学有了用武之地，计算机模拟方法，使不便区别化学特征的理论物理研究小组，进入了能在化学上区别的各种材料的分子设计实验室。早期的分子力场，如CFF，MM2，MMP2[6]，AMBER[7], CHARMM[8],等，仅能够描述有限的几种元素与一些轨道杂化的原子。在物理化学研究领域虽有很多的应用，但还不能满足材料科学发展的需要。90年代以来发展的MM3/MM4[9](Allinger et al 1989-1996),DREIDING[10]，SHARP[11],VALBONE[12], UFF[13] , CFF93[14], OPLS[15]分子力场，几乎覆盖了整个元素周期表，原子成键杂化的种类包括大量复杂的环化合物，以及许多金属有机化合物。从而使基于分子力场的分子力学方法、分子动力学方法与分子蒙特卡罗方法成为材料科学家的有力武器。??? 除了各种势函数是人们凭经验选定的，力常数是在同实验数据对照的优化中得到的。需要对照的实验数据主要是来自X光的结构数据和来自振动光谱的动态行为数据。早期的分子力场是从振动光谱的力常数发展过来的。后来为了适应描述元素周期表中大多数原子的需要，一些分子力场的力常