蛋白质二级构周期的检测及α-螺旋内疏水力的分析.pdfVIP

摘要 摘要 研究蛋白质的结构对生命科学有重要意义，因为明确了蛋白质的结构，有 助于了解蛋白质的作用，了解蛋白质如何行使其生物功能，认识蛋白质与蛋白 质(或其它分子)之问的相互作用，这无论是对于生物学还是对于生物医学和 生物药学，都是非常重要的。James 针对八十多条蛋白质系列的样本用数字信号处理的方法发现了a一螺旋的周期 为3．6到3．7个氨基酸之间，B一折叠的周期为2．O个氨基酸。我们在研究蛋白 质二级结构预测问题的过程中使用了以上结论。但是一些审稿人指出，随着现 在试验得到的蛋白质数量的增加，原先在小范围内得到的结论是否正确还需要 L．Cornette 检验，不可以直接使用。为此，本文的第一部分严格地遵照James 等人于1986年所用的数学方法(傅立叶变换方法和最大特征值法)用最新的PDB 数据库中三种有代表性的蛋白质序列集合研究了蛋白质的二级结构a一螺旋和 p一折叠的周期性，验证了a一螺旋的周期为3．6—3．7，B一折叠的周期为2．O。 并对此结果进行了显著性检验L检验。本文的第二部分的论点是：由于。一螺 旋的周期为3．6到3．7之间，我们就分别统计。一螺旋相差两个残基和相差三个 残基的两个氨基酸之间疏水值的作用关系，利用相对熵值作为尺度，发现n一 螺旋内疏水力的作用非常显著。特别其中氨基酸A，E，L，K对组成。一螺旋的 贡献最大，于是，将20个氨基酸赋予新的反映。一螺旋内部疏水力的指标，在 此指标下，每个氨基酸序列就成了一个数值序列，将它作八项移动平均所得的 新数列与螺旋结构对应关系很强，Fisher相关系数为O．7088。 关键词：a一螺旋，B一折叠，傅立叶变换，最大特征值，亲和性，疏水力 垒!!!翌!! 一 Abstract of Itis to thestructureof for thesnucture study proteinsl(110wing signmcaJlt is for outthee疏ctofthis outhowthe finding protein，findingprotein proteinhelpful outthemutualea、ectbetweentwo isalso functions，andfinding proteins．Itimponant and to thestructureof L forbiomedicine biologypharmaceuticsstudy proteins．James is andthe of foundthatthe ofa-helixaround3．6 period Comette[1]hasperiod 1 themethodof onabout isaround2．Oin 986 signal eighty B—sheet byapplying whenworkoVerthe ofthe use