蛋白质超家模体特征的分析与超家族的识别.pdfVIP

蛋白质超家族的模体特征分析与超家族的识别 摘要 模体是蛋白质进化过程中的保守区域，并一F1．能够反映蛋白质超家族之间亲缘关系，它们 通常对蛋白质的功能起重要作用。因此，蛋白质超家族的模体特征分析及蛋白质超家族的识 别对研究蛋白质结构和功能具有重要意义。本文以蛋白质超家族中的模体和序列为研究对象， 用生物统计学和生物数学中的方法，从蛋白质超家族中的模体功能特征分析及相对位置分布 统计、信息特征提取和蛋白质超家族识别这三个方面进行了研究。主要研究工作概括如下： 首先，从蛋白质结构分类数据库(stoP)中选I叶{16个具有代表性的蛋白质超家族，构建 搜索工具，提取了所构建的数据库的序列模体及模体的位置信息和功能信息，并对其进行整 合；进一步分析了超家族中模体的结构和功能特征，统计分析了模体相对于序列N端和c端 的位置分布及模体出现的频次，结果发现：在含有一种或是多种类型模体的蛋白质超家族中， 模体在序列中的位置分布均呈现一‘定的规律性。本文统计和分析的模体特征以及模体的位置 保守性规律能为蛋白质超家族的识别和蛋白质相互作用网络的建立提供有力帮助。 其次，用生物统计学中的单冈素方差分析方法，对16个具有代表性的蛋白质超家族的氨 基酸组分、物理化学性质分类特