生物信息学--05 蛋白质一般分析.pdf

第五章蛋白质序列分析和结构预测 一、蛋白质的基本性质分析 二、跨膜区预测 三、前导肽预测和蛋白质的亚细胞定位 四、蛋白质功能预测 五、蛋白质结构预测 一、蛋白质基本性质分析 1 蛋白质的分子量、氨基酸的组成和pI BioEdit Two tools online ：Expasy /tools/protparam.html /tools/pi_tool.html /tools/protparam.html /tools/pi_tool.html 2 疏水性分析 BioEdit Tools online ： ProtScale on Expasy /tools/protscale.html ProtScale程序可被用来计算蛋白质的疏水性图谱。该网 站充许用户计算蛋白质的50余种不同属性，并为每一种 氨基酸输出相应的分值。输入的数据可为蛋白质序列或 SWISSPROT数据库的序列接受号。 ProtScale on Expasy /tools/protscale.html 二、跨膜区分析 有多种预测跨膜螺旋的方法。最简 单的是直接观察以20个氨基酸为单位的 疏水性氨基酸残基的分布区域，同时还 有多种更加复杂的、精确的算法能够预 测跨膜螺旋的具体位置和它们的膜向 性。这些技术主要是基于对已知跨膜螺 旋的研究而得到的。 自然存在的跨膜螺旋Tmbase 数据 库，可通过匿名FTP获得(http://www.isrec.isb- sib.ch/ftp-server/tmbase) 二、跨膜区分析 Tools online ： Protein Secondary Structure Prediction on BCM /seq- search/struc-predict.html TMHMM-2.0 http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ TMpred - Prediction of Transmembrane Regions and Orientation /software/TMPRED_form.html /seq-search/struc- predict.html http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ /software/TMPRED_form.html /tools/protscale.html 三、前导肽预测和蛋白质亚细胞定位 在生物内，蛋白质的合成场所与功能场所常 被一层或多层细胞膜所隔开，这样就涉及到蛋 白质的转运。合成的蛋白质只有准确地定向运 行才能保证生命活动的正常进行。一般来说， 蛋白质的定位的信息存在于该蛋白质自身结构 中，并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以 表达。在起始密码子之后，有一段编码疏水性 氨基酸序列的RNA片段，这个氨基酸序列就是信 号肽序列。含有信号肽的蛋白质一般都是分泌 到细胞外，可能作为重要的细胞因子起作用， 从而具有潜在的应用价值。 前导肽一般具有如下性质： ①带正电荷的碱性氨基酸(特别是精氨酸) 含量较为丰富，它们分散于不带电荷的 氨基酸序之间； ②缺失带负电荷的酸性氨基酸； ③羟基氨基酸(特别是丝氨酸)含量较高; ④有形成两亲(即有亲水又有疏水部分) α-螺旋结构的能力。 http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 蛋白质亚细胞定位 和信号肽与跨膜区结构一样，蛋白质 的亚细胞定位往往也和该蛋白质的功能 密切相关。基于神经网络算法构建的蛋 白质亚纽胞定位数据库可用于对蛋白质 序列进行亚细胞定位分析。 SubLoc v1.0 /SubLoc/ PSORT : /