基于文献挖掘的蛋白质相互作用信息数据库设计及实现.pdfVIP

922 军 2013 12 37 12 Mil Med Sci ，Vol 37 ，No 12 ，Dec ，2013 事医学 年 月第 卷第 期 基于文献挖掘的蛋白质相互作用信息数据库设计及实现 ， ， ， 李满生 马 洁 杨春媛 朱云平 ［ ］ 、 摘要 目的 针对目前数据库在提供组织 存储和展示文献来源的蛋白质相互作用知识和数据支撑方面的不 ， (protein-protein interaction information database ，dbPPII)。 足 设计并构建了蛋白质相互作用信息数据库系统 方法 ， MySQL 、 根据文献来源的蛋白质相互作用数据的特点 使用 设计包含蛋白质相互作用 文献及本体三方面信息的数 ， ， JSP 。 据库结构 引入本体工具展示数据 并使用 等技术开发实现 结果 数据库系统实现了基于本体的信息组织 ， ， 。 ，dbPPII 、 和展示 提供多种数据查询方式及丰富的文献信息 并具有数据下载功能 目前 系统已经应用于组织 存 。 dbPPII 储和展示人及小鼠肝脏相关文献挖掘得到的蛋白质相互作用信息 结论 系统具有存储和检索文献来源 ， 的蛋白质相互作用信息的多种优势 并有效地利用了蛋白质相互作用本体信息框架组织和展示蛋白质相互作用数 据。dbPPII 访问主页:http :/ /ppii． hupo． org． cn 。 ［ ］ ; ; ; 关键词 蛋白质相互作用 文献挖掘 蛋白质相互作用注释信息 蛋白质相互作用本体 ［ ］ Q51 ［ ］ A 中图分类号 文献标志码 ［ ］ 1674-9960 (2013)12-0922-06 DOI :10． 7644 /j． issn． 1674-9960． 2013． 12． 011 文章编号 Literature mining-based protein-protein interaction information database :design and implementation * LI Man-sheng ，MA Jie ，YANG Chun-yuan，ZHU Yun-ping (Beijing Institute of Ｒadiation Medicine ，State Key Laboratory of Proteomics ，Beijing Proteome Ｒesearch Center ，Beijing 102206，China)