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启动子分析-----------转录因子结合位点?? 2011-03-07 02:58:25|??分类：?默认分类|字号?订阅 启动子是DNA分子可以与RNA聚合酶特异结合的部位，也就是使转录开始的部位。在基因表达的调控中，转录的起始是个关键。常常某个基因是否应当表达决定于在特定的启动子起始过程。启动子一般可分为两类:　　 (1)一类是RNA聚合酶可以直接识别的启动子。这类启动子应当总是能被转录。但实际上也不都如此，外来蛋白质可对其有影响，即该蛋白质可直接阻断启动子，也可间接作用于邻近的DNA结构，使聚合酶不能和启动子结合。 (2)另一类启动子在和聚合酶结和时需要有蛋白质辅助因子的存在。这种蛋白质因子能够识别与该启动子顺序相邻或甚至重叠的DNA顺序。　　 ? 因此，RNA聚合酶能否与启动子相互作用是起始转录的关键问题，似乎是蛋白质分子如何能识别DNA链上特异序列。例如，RNA聚合酶分子上是否有一个活性 中心能够识别出DNA双螺旋上某特异序列的化学结构?不同启动子对RNA聚合酶的亲和力各不同。这就可能对调控转录起始的频率，亦即对基因表达的程度有重 要不同。DNA链上从启动子直到终止子为止的长度称为一个转录单位。一个转录单位可以包括一个基因，也可以包括几个基因。启动子预测软件大体分为三类，第一类是启发式的方法，它利用模型描述几种转录因子结合部位定向及其侧翼结构特点，它具有挺高的特异性，但未提供通用的启动子预测方法；第二类是根据启动子与转录因子结合的特性，从转录因子结合部位的密度推测出启动子区域，这方法存在较高的假阳性；另一类是根据启动子区自身的特征来进行测定，这种方法的准确性比较高。同时，还可以结合是否存在CpG岛，而对启动子预测的准确性做出辅助性的推测。 启动子预测软件有：PromoterScan?;?Promoter 2.0?;?NNPP?;EMBOSS Cpgplot?;?CpG Prediction 启动子及转录因子结合位点数据库及预测工具 冷泉港启动子分析程序介绍???/links/ch_09_t_6.html??在线预测和分析基因启动子（promoter）????? 一般在公共数据库中，如NCBI、UCSC、Ensembl给出的人类基因序列都没有对基因进行详细的标注。不过，有很多在线工具，可以预测和分析基因序列上的启动子、内含子、UTR区等。在这里就简单总结收集一些网站，备用。??????1.?NCBI上的Finding Promoter （NCBI推荐的）????? （/Class/NAWBIS/Modules/DNA/dna21b.html）????? Promoter Scan from the Bioinformatics and Molecular Analysis section of?????? NIH.????? TFSearch from the Computational Biology Research Center of Japan.????? DRAGON Gene Start Finder from the DRAGON Genome Explorer site.????? 2.?Promoter 2.0 Prediction Server?????? （http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/）????? Promoter2.0 predicts transcription start sites of vertebrate PolII?????? promoters in DNA sequences. It has been developed as an evolution of?????? simulated transcription factors that interact with sequences in promoter?????? regions. It builds on principles that are common to neural networks and?????? genetic algorithms.??????3.?TFSEARCH （http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html）????? Searching Transcription Factor Binding Sites (ver 1.3)??????4.?Neural Network Promoter Prediction (伯克利大学)????? （:9005/seq_tools/promoter.html）??????5.?The Markov Chai