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蛋白疏水分析、跨膜区预测和拓扑结构的生化分析 ***以下所有内容均为Atom原创*** 内容概要 1、蛋白疏水性计算机分析和跨膜结构预测 (这部分本人绝对外行，只介绍几个我曾经用过的方法) 1.1 Kyte and Doolittle疏水分析 1.2 Helical wheel分析Amphiphilic肽段 1.3 alpha螺旋穿膜区的预测 2、膜蛋白拓扑结构的生化分析 2.1 原核细胞：Enzyme Tags 2.2 真核细胞：Glycosylation Tags 2.3 Cysteine Scanning 2.4 BAD Tag 2.5 蛋白酶保护分析  1、蛋白疏水性计算机分析和跨膜结构预测 由双层脂类组成的生物膜结构是细胞的基本构成单元，然而，生物膜的大部分功能是由镶嵌在生物膜中的蛋白质来完成的，膜蛋白决定了生物膜的功能特性，因此，不同类型的生物膜，其蛋白构成比例有很大的差别，以质量来算，从25%到75%不等。另一个角度来说，生物体内的蛋白质中，20-30%都属于膜蛋白，因此膜蛋白在细胞的功能中占据重要地位是显而易见的。由于膜蛋白很难得到大量外源表达，纯化、结晶也非常困难，所以得到结晶X线衍射明确其结构的膜蛋白至今仍然很少，目前对于膜蛋白的结构研究，仍然处于起步阶段。 膜蛋白包括integral membrane protein和peripheral membrane protein，在integral膜蛋白中，与细胞膜的结合也有几种不同的方式，其中主要方式是肽段直接跨过细胞膜，即transmembrane protein(跨膜蛋白)，另外还有通过脂肪基与细胞膜发生共价结合，蛋白本身可以在细胞内侧，也可以在细胞膜外侧。跨膜蛋白一般以疏水的alpha- helix与膜脂肪发生非共价结合，在细胞中常执行信号传导或转运通道功能，因此是研究最集中的一类蛋白质。这里介绍的是膜蛋白二级结构中alpha- helix的预测和跨膜结构生化分析相关方法学。 Kyte and Doolittle疏水分析 1982 年Kyte和Doolittle发表在Journal of Molecular Biology上的分析蛋白疏水特性的方法，(A Simple Method for Displaying the Hydropathic Character of a Protein)仍然是目前应用最为广泛的蛋白疏水区作图法。目前大多数分子生物综合分析软件(例如DNASTAR，OMIGA2)都包括了这个分析功能：Kyte Doolittle Hydrophobicity Plot。在这个作图法中，分析的是氨基酸系列的平均疏水性，从而预测肽段是否有足够的疏水性而成为跨膜区。图形报告中，X轴为氨基酸系列位置，Y轴为氨基酸平均疏水指标，“平均”指的是这个疏水指标不仅仅反应该氨基酸，而且反应了周围几个氨基酸的疏水性，在作图前，需要设置window size来决定分析周围几个氨基酸的平均值，window size应该是一个单数，比如11，那么某个位置氨基酸的平均疏水性就是这个氨基酸N端侧5个和C端侧5个以及它自己的疏水性的平均值。根据这个原理，蛋白的前几个和最后几个氨基酸是不能得到疏水指标的，因此在疏水图中不能显示。请参考附图，我这个图是用一个免费软件winpep做的，该软件还提供一个功能，就是预测可能的疏水alpha-helix区，在产生图以前，需要输入一个预测阈值，通常设定为1.6，条件要求苛刻时设定为2.0，一般认为2.0 得到的预测是可靠的。 我试过许多不同软件，没有找到一个满意的，也就是可以输出发表格式图形的软件，最后只好通过拷屏的方法拼凑打印成图形发表。如果哪位朋友发现比较好的软件可以直接输出图形，特别是要输出高dpi的图形，麻烦你告诉大家共享。  引用:最初由 zhengz 发布 谢谢了，看了后对这个有点懂 了，以前自己用dnastar做了一个类似 分析，按一片文章的方法类推的，全用默认值。没有深入思考过。 请问，window size有什么要求吗？平均疏水性的具体数值怎么评估的阿？ 还有文献中提到关于氨基酸的二级结构和一些物理性质的预测，具有较大的价值，具体的与真实结构的吻合率有多高？ 我前面说过，我在这方面是外行，所以具体原理我闹不太明白的。根据我自己的理解，氨基酸的疏水值是由这个氨基酸从脂相进入水相所需要的能量(free energy)和氨基酸侧链结构来决定的，如果氨基酸进入水相需要能量，则为正值，所以正值越大，疏水性越强。Kyte和Doolittle分析得到了每个氨基酸的疏水指标，平均疏水值就是通过设定窗口，然后算窗口内这些氨基酸的疏水指标的均数得到，因此阈值的设定，可能会影响疏水区预测