《基于信噪比和频谱特征改进的基因预测方法研究》.pdfVIP

第33卷第2期 中南民族大学学报 (自然科学版) V01．33No．2 2014年6月 JournalofSouth·CentralUniversityforNationalities(Nat．Sci．Edition) Jun．2014 基于信噪比和频谱特征改进的基因预测方法研究 段 汕，赵淑珍，冯光琼，钱 磊 (中南民族大学 数学与统计学学院，武汉 430074) 摘 要 指出了正确识别定位DNA序列中外显子区间是当前生物信息学最基础的问题之一．通过介绍 DNA序列 的3一周期性、信噪比等概念，引入了固定长度滑动窗口和移动信噪比曲线识别两种基因识别算法，在综合两种算法 的复杂度和准确性优势的基础上 ，提出了基于信噪比特征的基因识别改进算法 ，并通过实验验证了该算法的有效 性与准确性． 关键词 基因预测；3·周期性；信噪比 中图分类号 0029 文献标识码 A 文章编号 1672-4321(2014)02-0106-05 Research ofPredictionM ethodBasedon theCharacteristics ofGeneSSNR andSpectrum DuanShan，ZhaoShuzhen，FengGuangqiong．QianLei (College0fMathematicsandStatistics，South—CentralUniversityforNationalities，Wuhan430074，China) Abstract Identi~ingandpositioningexonsintervalsoftheDNAsequencecorrectlyisoneofthemostbasicissuesin currentbioinformatics．Inthispaper，throughdescribingthe3-periodicityofDNA sequences，SNR nadotherconcepts，we introducetwogeneidentificationalgorithmswhicharecalledfixed—lengthslidingwindowsnad mobileSNR Curve．After synthesizingtheadvnatageaboutcomplexity nadaccuracyofthetwo algorihtms，wepropose an improvedidentification algorithm based on SNR nad spectrum．Finally，theexperimentsare used tO verify the validity na d accuracyofthe algorithm． Keywords geneprediction；3一periodicity；SNR 从大量的DNA序列中获取丰富的生物信息对 对序列进行预测，这种方法在对基因信息了解不多 生物学、医学、药学等诸多方面都具有重要的理论意 的情况下，基因识别的准确率会明显下降，并且对于 义和实际价值，也是 目前生物信息学领域的一个研 那些与训练集基因结构不太相似的真实基因，将会 究热点．对于给定的DNA序列，正确识别DNA序列 出现假阴性的结果 l4；(3)信号处理与分析方法， 中外显子基因范围及其精确位置称之为基因预测． 此类方法主要利用DNA序列数值映射后的性质特 基因预测是一个尚未完全解决的问题，也是当前生 征进行预测，通过识别算法实现对性质特征的提取， 物信息学最基础、最重要的问题之一_lJ． 常用的算法有固定长度滑动窗口法 和移动信噪 目前基因预测的方法主要有 3种：(1)由Gish 比曲线识别法 ，前者主要基于DNA序列的频谱特 和S