《基于全基因组序列的香菇商业菌种SSR遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究》.pdfVIP

食用菌学报@2014．21(2)：1～8 文章编号 ：1005—9873(2014)02—0001—08 基于全基因组序列的香菇商业菌种 SSR遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究 张 丹 ，宋春艳 ¨，章炉军 ，巫 萍 ，鲍大鹏 ，尚晓冬 ，谭 琦 (上海市农业科学院食用菌研究所 ，农业部南方食用菌资源利用重点实验室，国家食用菌工程技术研究中心， 上海市农业遗传育种重点开放实验室 ，上海 201403；南京农业大学生命科学学院，江苏南京 210095) 摘 要 ：香菇 (Lentinulaedodes)是世界主要栽培食用菌之一，香菇菌种 的准确鉴定是香菇大规模生产和菌种 知识产权保护的重要前提 。本研究基于香菇全基 因组序列开发 200对 SSR标记用于 25份常用香菇栽培菌种 的遗传多样性分析和菌种鉴定 。结果表明：供试材料 的遗传相似性较高，遗传相似系数平均值为 0．776，最小 值为 0．567，最大值为 1。基于遗传多样性分析结果，筛选 出7对带型清晰且重复性好 的SSR标记 ，并成功构 建了l1份香菇商业菌种的多位点 SSR指纹图谱。这 l1份菌种分别为：Cr．O2、闵丰 1号、香菇 241．4、森源 1 号 、森源 8404、香九 、广香 51号 、华香 5号 、L952、L9319、L808。 关键词 ：香菇 ；简单重复序列；商业菌种 ；遗传多样性 ；指纹 图谱 香菇 (Lentinulaedodes)是我 国十分重要 的 菌种 的真实性常通过基于表 型分析 的DUS 栽培食用菌。 自上世纪 7O年代 以来 ，随着品种 (Distinctness，UniformityandStability)测试来 改 良以及代料栽培技术的推广 ，我国香菇总产量 鉴定 。这种方法耗 时费力 ，鉴定结果也 易受环 有了极大的提高 ，逐渐 占到世界总产量 的7O％以 境 的干扰 。近年 来 ，随着分子 生 物学技 术 的发 上 [1]。据 中国食用菌协会统计 ，2012年我国香菇 展 ，越来 越 多 的分 子 标 记 ，如 RAPD (Radom 总 产 量 达 到 400 万 吨，仅 次 于 糙 皮 侧 耳 Amplified Polymorphic DNA )[ 、 AFLP (Pleurotusostreatus)，是我 国第二大栽培食用 (Amplified Fragment Length Polymor— 菌。随着香菇栽培规模 的逐步扩大 ，香菇栽培菌 phism )[ 、 ISSR (Inter Simple Sequence 种的使用数量也越来越多，目前 已有 25份香菇 Repeats)_l4以及 SCAR(SequenceCharacterized 菌种通过了国家 品种审定委员会 的认定 ，用于大 AmplifiedRegion)5¨ 相继被应用于菌种真实性 规模的商业生产 。 鉴定 的研究。分子标记 以其快速 、简便 、可操作 对于香菇产业来说 ，优质 的菌种对香菇产量 性强等优点得 到 了迅速 的推广 。然而 ，在 实 际 和质量的贡献至关重要。 目前 ，我 国的香菇栽培 应用 中，上述分子标记 也体现出一些缺点 ，例如 正逐步从分散的小农小户生产 向着专业化、分工 RAPD、AFLP以及 ISSR标记扩增 出的条带数 化 、规模化的方 向发展 ，对香菇栽培菌种 的质量 量较多，统计分析 比较繁琐且部分标记 的可重 和真实性要求越来越严格。由于缺乏简洁高效 复性较低_8；SCAR标记由于受基因组序列信息 的菌种检测手段 ，生产上假 菌种 、退化菌种 时常 的限制 ，目前可利用 的标记数量较少。这些缺 冒充优 良商业菌种流通于市场 ，导致菌种供应者 点限制 了上述分 子标记 的使用 范 围和检测 和香菇生产者遭受巨大经济损失 ，迫切需要