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陕西师范大学本科生物科学专业（基地班）理论课教学大纲 生物信息学 （Bioinformatics） 课程编码：0842005 学时：54（其中理论教学18学时，计算机操作36学时） 学分：3 课程属性：专业限定选修课 开课单位：生命科学学院 先修课程：生物化学与分子生物学、遗传学、计算机基础 一、课程的性质 专业基础课程 二、教学目的 本课程的目的是使学生掌握生物信息学这门新的交叉学科的基本知识、核心技术和计算机应用软件的操作能力，同时了解国内外生物信息学的研究进展及主要研究内容。通过本课程的理论学习和计算机软件操作练习，使学生能够掌握生物信息学的基础知识与概念，了解生物信息学网络资源，获得解决在生物学研究过程中遇到的有关生物信息学问题的方法和技能。 三、教学内容 生物信息学是信息时代生物学研究的公共平台，是现代生物学研究的重要工具。生物信息学课程的内容可以概括为生物学数据库、算法、软件、应用生物信息学方法和软件解决具体的生物学问题等四个方面。具体内容包括：生物信息学概述，数据的获得与处理，数据库的内容、结构及数据的检索方式，常用生物学数据库、数据库检索，序列相似性搜索，序列比对，分子进化与系统发育学，基因组信息学，基因和蛋白质家族分类，结构信息学，微阵列数据分析，蛋白质组数据分析和其他生物学信息学等。 四、学时分配 章 课程内容 学时 1 Introduction to Bioinformatics 2 2 Biological Databases 2 3 4 5 6 7 8 9 NCBI and BLAST searching Sequence alignment Molecular evolution and phylogenetics DNA sequence analysis Genome informatics Protein sequence analysis and Protein families classification Protein structure and structural classification 2 2 2 2 2 2 2 五、教学方式 多媒体课件，双语教学。 六、考核方式 考查，成绩由12次计算机实验报告（每个实验5分，共60分）及研究型论文（40分）二部分组成。 七、教材及教学参考书 Instant Notes in Bioinformatics,（影印本）D.R.Westhead[英]，J.H.Parish[英]，R.M.Twyman[英]（著），科学出版社，2002。 参考书目 [1]．《生物信息学》(中译本第2版先锋版)/精要速览系列， (英国)D.R.韦斯特海德等著//王明怡等译，科学出版社。 [2]．《生物信息学——序列与基因组分析》 Mount（著）/钟扬等译 科学出版社。 [3]． David W.Mount 《Bioinformatics :sequence and genome analysis》影印本，科学出版社,2002. 八、教学基本内容及要求 Chapter 1 Introduction to Bioinformatics 1. 教学基本要求 掌握生物信息学的基本概念、发展历史、研究内容和研究方法及核心技术，了解生物信息学的计算机硬件和软件知识。 2.教学具体内容 Chapter 1 Introduction to Bioinformatics 1.1 What is Bioinformatics? 1.2 Brief History of Bioinformatics 1.3 Sources of Biology Information 1.4 Becoming a Bioinformatician 1.5 Bioinformatics technology 本章的重点是生物信息学的概念（1.1）、生物信息的来源（1.2）及核心生物信息学技术（1.4）。 Chapter 2. Biological Databases 1. 教学基本要求 了解数据库的原理和类型及生物学数据库的分类；掌握生物学数据库常用的格式；熟悉各类生物学数据库及其查询和搜索的原理与方法。 2. 教学具体内容 Chapter 2. Biological Databases 2.1 Database overview 2.2 Database format 2.3 Primary and secondary databases 2.4 Database classification 2.5 Database searching 本章的重点是数据库格式与数据库查询和搜索的原理与方法。 Chapter 3. NCBI and BLAST searching 1. 教学基本要求