《HBV新亚型中C基因片段的B／C型结构分析.》.pdf

第 3O卷 第 1期 病 毒 学 报 Vo1．30 NO．1 2014 年 1月 CHINESEJOURNALOFVIROLOGY January 2014 HBV新亚型中C基 因片段的B／C型结构分析 易青青，马 磊，贾奇男，贺建峰 (昆明理工大学 信息工程与 自动化学院 生物医学工程研究所 ，昆明 650500) 摘要 ：乙型肝炎是严重威胁人类健康 的疾病之一 。分析 乙型肝炎病毒 (HepatitisBvirus，HBV)的进化过程 ，可 以 获得 HBV序列间的亲疏进化关系，进而为乙型肝炎的预测、治疗等方面研究提供依据 。为 了研究乙肝病毒样本 的 基因亚型，本文使用序列分析方法对采集到的临床 HBV序列和公共核酸数据库 的HBV数据集进行系统进化树 构建和序列结构分析 。结果显示 ，样本 中有一条克隆序列的c基 因区域是一种新 的HBVB／C混合亚型。并且 ，实 验结果还验证 了云南省西双版纳州 HBV新亚型 HBV／B6的存在 。本文的实验结论对云南省少数 民族聚居地区 乙型肝炎病毒 的系统进化研究具有一定的价值 。 关键词 ：乙型肝炎病毒 ；亚型；进化树 ；基 因分型 中图分类号 ：R373．9 文献标识码 ：A 文章编号 ：1000—8721(2O14)O1—0019-06 乙型肝炎严重威胁人类健康 ，据估计全球约有 序列结构对于了解 HBV的分子起源、进化 、发展规 2O亿人受其影响，超过 3．5亿是慢性病毒携带者 ， 律以及对 乙肝疾病的防治具有重要的作用 。 每年约有 600000多人死于与 乙肝病毒相关 的疾 我 国云南省西双版纳州地理环境相对 比较封 病_1]。并且 ，每年约有 450万新增病例 ，其中四分之 闭，人员流动少，且多为少数民族群落 ，人种单一 ，这 一 会发展成为肝病[2]。研究乙型肝炎病毒 (Hepati— 些独有的特点为该地区乙肝疾病的研究提供 了有利 tisBvirus，HBV)对人类的健康具有重要意义 。目 条件 。我们从云南省西双版纳州采集 了5例 HBV 前 ，全球 已发现 A～J共 10种 HBV基 因型，其中有 样本 (共 23条克隆序列)。在此基础上 ，还从公共核 5种基 因型 A、B、C、D和 F存在不 同数 目的亚型。 酸数据库 (GenBank、EMBL和 DDBJ)获取了 59条 通常 HBV划分为不 同基 因型和基 因亚型的标准 HBV的DNA序列 。本文详述 了我们在新数据集 是 ，如果全长基 因序列差异百分 比在 4％～8 之 共 82条 HBV全基因序列的基础上 ，使用 BioEditIs] 间，则归为一种基 因型。差异百分 比在 4 以内的 生成 5个样本各 自的一致序列 ，利用 CiustalX_9和 为一种亚型。其余差异百分比大于 8 的序列为不 MEGA软件_ll叩构建系统进化树。然后使用 NCBI 同的基 因型_l3]。以往研究发现 ，中国是乙肝疾病高 的Genotyping_l】工具对样本进行基 因结构分析。 发区，HBV基因型和基因亚型的分布具有 明显的地 实验发现这 5例来 自西双版纳州 的HBV样本中的 域特性 ，中国大陆的基 因型以B型和 C型为主 ，其 两例属于一种 HBV 的新亚 型，这一发现得到云南 次是A型和D型。除西部新疆地区以D型为主外 ， 省第一人 民医院的前期研究结论 的支持口 ，该文通 其它地 区均 以C型为主 ，且主要为 C2亚型 。B型 过生物方法分析发现这两个样本可能是一种 HBV／B 主要分布在南方 ，以B2亚型为主[5]，而中国云南少 型的新亚型。此外，我们 的实验还验证了这个新亚 数民族地 区HBV流行 的基 因型为 B型 ，暂时未见 型的c基因片段是一种 HBV 的B／C的混合亚型。 B／C混合型