《5 计算机辅助药物设计1.》.pptVIP

CATALYST提供了了更为完备和细致的药效特征元素定义方法，每一种药效特征元素包括四部分内容： ※化学功能 包括疏水性、正负电荷基团、氢键供体和受体、环芳香性等，这些功能还可以重新定义，进行灵活和独立的分析，并可检查分子中的疏水性基团等； ※确定三维空间的位置和定向； ※确定位置许可误差 通过彩球图像确定化学功能，球的大小表示位置精确度，小球表示该特征的精确位置对活性很重要，大球表示其重要性差一些； ※利用权重（weight）来表示化学功能对于对于生物活性的影响，数值表示该项功能存在时对活性的贡献与不存在时活性比值的对数。 药效团的评价 药效团模型的构建是以认为最简单的模型是最优的奥坎姆剃刀规则（Occam’s Razor）的量化延伸为基础的。 每个模型都用一个函数来表示模型的复杂性、化学特征和理想权重的偏差以及预测活性和实测值的误差。 CATALYST提供了所建立的每一个模型的相关量化指标，使用者可由上述指标判断所建立的药效团模型的优劣。 方法 1、距离几何法（distance geometry，DG） 2、分子形状分子方法（Molecular Sharp Analysis，MSA）， 3、比较分子场分析法（comparative molecular field analysis，CoMFA） 4、Cerius2：2D 3D QSAR 5、其他 1、化合物构象的产生及能量