《分子序列对比分析 数据库》.pptVIP

BLAST 练习 要求： 已知拟南芥(Arabidopsis thaliana) 转录因子E2F家族包含6个成员，分别为E2Fa, E2Fb, E2Fc, E2Fd, E2Fe, E2Ff，请通过Entrez查寻其蛋白质序列信息，并将结果保存为FASTA格式； 建立上述蛋白的多重比对FASTA文件； 用ClustalW进行多重比对，将结果保存下来以便分析 多重比对 用NCBI BlastP比对搜索该蛋白质的名称、序列号、物种来源等基本信息 通过BLAST寻找其在小鼠(Mus musculus)中亲缘最近的同源蛋白，提供比对结果 通过Special BLAST推断该蛋白属于何种蛋白质家族、可能的保守域的名称 * * * * * * * * * 成对序列比对举例 视黄醇结合蛋白(RBP)与水解牛乳蛋白(β-lactoglobulin)的比对结果 完全相同区 部分相似区 identity Similarity Gap 间隔 成对序列比对 完全匹配（complete match） 部分匹配（partial match） 对于蛋白质序列而言，不同但性质(size, charge, hydrophobicity, and polarity)相近的氨基酸常具有相似的功能。 　碱性aa、酸性aa、中性-非极性aa、极性aa 空位（gap） 源于序列片段的插入或缺失(ins