猪BMP4基因转录体结构生物信息学分析.pptVIP

猪BMP4基因转录体结构的生物信息学分析 NCBI的AceView推测人BMP4基因总共有够构成11种mRNAs（Aapr07—Kapr07）（图1）。包括 9种剪辑变体和2种未剪辑变体的转录本。 图1 包括AceView 未注释TV-3，人总共有12种转录体。其中，b(TV-1)、d(TV-2)、TV-3、a、c等主要转录体多在正常组织高表达，其它的常见于肿瘤组织。不同转录体主要是由不同启动子转录、选择性剪接及内含子滞留等因素造成的，转录体间的差异主要表现在5‘端。 人类BMP4 mRNA 中的5种主体 mRNA （TV-1、TV-2、TV-3、TV-a、TV-c）编码408个AA的完整蛋白质，TV-e可能编码一种BMP4蛋白质异构体，但至今未得到实验证实。因此，我们推测选择性剪接主要影响BMP4主体mRNA的稳定性及翻译效率。对这几种主要转录体进行分析，发现选择性剪接位点主要有4处（图2）。 图2 对猪BMP4基因各转录体及相应的启动子结构进行分析。发现各转录体的5‘长度变化范围较大（198-1160bp），影响翻译效率的二级结构复杂性（茎环数）、稳定性（能量）、Kozak信号强弱、框前ORF和框内uATGs数目和结构等都有较大差异（表1）。 另外，还发现一些转录体5’UTR区存在内部核糖体进入位点（IRES）和15-LOX-DICE等 motif (TV-1、TV-3s、T