《KEGG数据库中文教程》.pdf

北京市昌平区生命科学园路18 号 博奥生物有限公司 邮编：102206 生物芯片北京国家工程研究中心 电话：86-10 传真：86-10 网址： KEGG 数据库中文教程 北京市昌平区生命科学园路18 号 博奥生物有限公司 邮编：102206 生物芯片北京国家工程研究中心 电话：86-10 传真：86-10 网址： 快速导航 1. 这篇教程介绍了什么？ 2. KEGG 数据库里面有什么？ 3. 我如何查询某一特定的代谢途径(pathway) 的信息，例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 4. 我如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 5. 我如何查询Pyruvate 涉及了哪些生化反应? 6. 我如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 7. 我如何知道Bacillus subtilis 是否有gltA? 8. 我如何查询 gltA 在其他物种中的同源基因? 9. 我如何列出某一代谢途径中涉及的所有的酶？例如cytrate cycle pathway （TCA 循环） 10. 我如何知道人类的cytrate cycle 中pyruvate carboxylase 这种酶有多少化合物与其发生相 互作用？ 11. 我如何查询人类由Citrate 生成Acetyl-CoA 的可能步骤？ 12. 我有一条未知的序列，如何查询KEGG 数据库中是否有基因或酶与其对应? 北京市昌平区生命科学园路18 号 博奥生物有限公司 邮编：102206 生物芯片北京国家工程研究中心 电话：86-10 传真：86-10 网址： 一. 简介 代谢(Metabolism) 是指细胞内发生的各种化学反应的总称。一个代谢途径（Metabolic pathway ）包括一系列互相联系的反应(reaction),反应中的酶( enzyme) 以及反应中的前体或者产物 (substrate) 。 随着现代生物信息学的进展，我们可以通过计算机来展示，以至预测细胞内的代 谢途径。 现在常用的查询代谢途径的数据库主要包括 ：KEGG(http://www.genome.jp/kegg/), GenMAPP(/), BioRag(/) 等。本教程主要介绍 KEGG 数据库的使用方法。 KEGG （Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ）是由日本京都大学和东京大学联合开发 的数据库，可以用来查询代谢途径，酶（或编码酶的基因），产物等，也可以通过 BLAST 比对 查询未知序列的代谢途径信息。KEGG 主要通过Web 界面进行访问，同样也可以通过本地运行 的Perl 或java 程序进行访问，使用很方便。 本教程将结合实例来介绍KEGG 数据库的使用方法，希望能您能通过本教程了解KEGG 数 据库的基本使用方法。 二. 使用方法 1.首页 打开KEGG 的首页，我们可以看到KEGG 提供的四个主要的数据库（图 1 箭头所示）。  PATHWAY （代谢途径数据库），可以查询各种代谢途径。  BRITE （代谢通路及同源基因数据库），这个数据与PATHWAY 数据库不同的是，可以查 询酶和底物之间的关系，也可以查询某种酶的同源基因。  GENES （基