equilibrium lattice constant and bulk modulus 分子动力学实验教案.pdf

分子动力学实验（一） 1. 平衡晶格常数与体弹模量的计算 2. 空位与间隙原子形成能计算 April 15, 2010 Project 01 Equilibrium lattice constant and bulk modulus Model system Cu, Al, and Si (SW potential) lattice types Initial conditions (fcc, bcc, hcp, sc, diamond, …) Supercell number of atoms, PBCs … Interatomic EAM (Cu, Al) potentials Stilling-Weber (Si) none Ensembles we calculate ground state properties (0 K) 1) calculate E-V relation Tasks 2) determine the equilibrium lattice constant, a0 3) determine the bulk modulus, B LINUX基本命令 桌面上，鼠标右键，打开终端（terminal ）: $ pwd （Present Working Directory，当前路径） $ ls （List，列表显示） $ mkdir haha （Make Directory，新建文件夹haha) $ cd haha （Change Directory，进入文件夹haha) $ ls $ cd .. （返回上一级目录） $ ls $ rm –r haha （删除文件夹haha) 1st Step ：linux下如何运行MD程式（LAMMPS ） $ pwd $ ls $ ls share 注意这个点！ $ cp share/project_1_2.tar.gz . $ tar -xzvf project_1_2.tar.gz $ ls $ cd project_1_2 $ ls $ cd 1_silicon LAMMPS $ ls 运行命令 $ lmp_serial in.Silicon $ ls 输入文件in.Silicon # bulk Silicon lattice # 注释行，随便给 units metal # 单位，指定为lammps里的金属类的单位，长度为Å，能量为eV。 atom_style atomic # 原子模式 variable x index 5.4305 5.4306 5.4307 5.4308 5.4309 5.4310