材料问题的计算与模拟概述_.pdf

计算材料学 分子动力学实验报告说明 May 4, 2010 实验报告要求 就分子动力学四组实验中的一个或者多个，进行分析和讨论。 内容、字数、形式均不限。 实验报告请于6月1 日前上传至ftp: 40 用户名：cms 密 码：cms 文件名：学号_姓名（如5070519060_冯程） 实验报告相关的任何问题，欢迎联系：moran@ 登录服务器 用户名和密码跟课上一样，若忘记，请邮件询问moran@ Xmanager 登录，注意以下四个输入： 主机IP 自己的用户名 端口 密码 注意，服务器上路径有变化 唯一变化：存放公共文档的share 文件夹的路径是/export/home/share 进入share 的命令: cd /export/home/share 将project_1_2.tar.gz 复制到家目录： cp project_1_2.tar.gz ~ 这个~ 是自己的家目录home. 如，返回自己的家目录home: cd ~ 其他命令都跟课上一样 数据传输 服务器与本地电脑数据传输，用Xmanager 中的Xftp ，调用方法如下图： Atomeye 构型可屏幕截图，也可以通过j 命令，将构型存成.jpg 格式，再传回 本地电脑。 各实验可讨论和实践的地方 下面是各实验可以讨论和实践的内容，感兴趣的可以尝试，不作强制要求。 若有其他讨论或设想的，及计算机方面的，更欢迎。 1. 晶格常数计算 计算其他类型的晶格常数 示例为硅diamond 结构晶格常数的计算，可尝试计算fcc, bcc 等结构。 例如计算fcc ，将下面两行蓝色换成红色标注的内容： # variablex index 5.4305 5.4306 5.4307 5.4308 5.4309 5.4310 5.4311 5.4312 5.4313 5.4314 5.4315 # lattice diamond $x variablex index 3.61 3.612 3.613 3.614 3.615 3.616 3.617 3.618 lattice fcc $x （index 值随意取，尽量使得曲线最低点位置更精确） 2. 空位 如下两个方面可探讨:  空位浓度 改变模拟盒子的大小，调控空位浓度。 region box block 0 6 0 6 0 6 盒子大小为6*6*6，改变这个值，例如8*8*8，讨论空位浓度对空位 生成能的影响。  空位原子的引入位置 region centerpoint block 3 3.05 3 3.05 1 1.05 delete_atoms region centerpoint 以上命令指定去掉了(3 3.05 3 3.05 1 1.0) 区域里的原子。改变区域位 置，如(3.5 3.55 3.5 3.55 1.5 1.55) 看空位的引入位置对空位生成能是否有 影响。 3. 间隙原子 如下三个方面可探讨:  间隙原子浓度  间隙原子的引入位置 （比较复杂，可参见/wiki/Interstitial_defect ）  弛豫方法 示例中考虑的是0 K 温度下的情形，运用能量最小化命令来弛豫；如 果改变温度，弛豫效果会好些。但实施起来比较麻烦。