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第五章 作物分子设计育种 　分子设计育种的概念 1、由来 Peleman 和van der Voort 对“设计育种”(breeding by design ) 这一名词进行了商标注册 。 　分子设计育种的概念 2、概念 以生物信息学为平台,以基因组学和蛋白组学的数据库为基础,综合作物育种学流程中的作物遗传、生理生化和生物统计等学科的有用信息,根据具体作物的育种目标和生长环境,先设计最佳方案,然后开展作物育种试验的分子育种方法。 主要内容 一、相关基础研究现状及发展趋势 二、我国开展分子设计育种的时机已经成熟 三、我国作物分子设计育种的研究重点 一、相关基础研究现状及发展趋势  1、 生物信息学遗传信息数据库中的数据呈“爆炸式”增长 （1）基因组学 3 大核酸序列数据库EMBL 数据库, NCBI的 GenBank数据库，DDBJ 数据库。 （2）蛋白组学 一、相关基础研究现状及发展趋势  2、分子标记技术发展日新月异 第一代分子标记，基于Southern杂交，RFLP; 第二代分子标记，基于PCR杂交，SSR; 第三代分子标记，基于基因序列，cDNA序列的SSR和SNP 一、相关基础研究现状及发展趋势  3、基因和 QTL 定位研究广泛深入 数量性状的基因位点(QTL)定位; 植物 QTL 定位方法：区间作图，复合区间作图和基于混合线性模型的复合区间作图； 等位基因变异的检测与表型性状的深入鉴定。 一、相关基础研究现状及发展趋势  4、基因电子定位与电子延伸得到应用 利用 EST或cDNA全长序列等信息对表达序列直接进行作图，把不同基因定位在染色体上； NCBI利用BLAST技术把 EST数据进行了整理建立了 dbEST数据库； 一、相关基础研究现状及发展趋势  5、转基因技术和标记辅助选择方法取得一定进展 转基因技术仅限于利用主基因改良单一目标性状； 分子标记辅助选择并不比传统的选择方法在对主基因控制的性状方面有明显优势;对多基因控制的重要农艺性状 ,由于 现有的 QTL 定位成果很难直接用于指导分子标记辅助选择。 二、我国开展分子设计育种的时机已经成熟 1、拥有生物信息学的研究力量和技术。 首次对水稻全基因组测序并对水稻第4 染色体精细测序； 从基因组序列、EST信息和全长 cDNA序列中发掘新标记和新基因的工作取得了一定进展。 二、我国开展分子设计育种的时机已经成熟 2、开展虚拟分子育种。 我国利用分子数量遗传学和计算机技术研究 QTL 作图、QTL 与环境之间的关系方面位于国际同等水平。 二、我国开展分子设计育种的时机已经成熟 3、拥有建立大型的数据搜集和处理系统的技术和经验。 国家作物种质资源信息系统已建立多年 ,目前该系统中储存的数据已达数千万项 。 二、我国开展分子设计育种的时机已经成熟 4、拥有基因作图、比较基因组学研究、等位基因多样性研究等关键技术。 大多数重要性状基因作图； 开展小麦族内的物种之间、禾本科作物之间的比较基因组学研究； 二、我国开展分子设计育种的时机已经成熟 5、与国外相比，存在问题 1) 主要农艺性状基因发掘和功能研 究存在不足； 2) 分子设计育种相关的信息系统不够 完善。 3) 分子设计育种理论研究相对滞后。 三、我国作物分子设计育种的研究重点 1、重要农艺性状基因/QTL 高效发掘 构建作物的高代回交导入系群体, 并结合 定向选择,消除复杂的遗传背景对基因/QTL 定位精度的不良影响,高效发掘种质资源中重要农艺性状的基因/QTL 。 三、我国作物分子设计育种的研究重点 2、建立核心种质和骨干亲本的遗传信息链接 获取亲本携带的基因及其与环境互作的信息预测不同亲本杂交后代在不同生态环境下的表现提供信息支撑。 三、我国作物分子设计育种的研究重点 3、建立主要育种性状的 GP模型 GP(Genotype to phenotype) GP 模型利用发掘的基因信息、核心种质和骨干亲本的遗传信息链接提供的信息,结合不同作物的生物学特性及不同生态地区育种目标,对育种过程中各项指标进行模拟优化,预测不同亲本杂交后代产生理想基因型和育成优良品种的概率,大幅度提高育种效率。 四、 分子设计育种实例 （一）、步骤 (1) 定位所有相关农艺性状的QTL ; (2) 评价这些位点的等位性变异; (3) 开展设计育种。 四、 分子设计育种实例 （二）、过程 1、 研究育种目标性状的QTL 2、 评价这些位点的等位性变异; 3、 开展设计育种。 1、 研究育种目标性状的QTL （1）构建作图群体 （2）筛选多态性标记