第二章计算化学应用.ppt

生命科学中的重要研究方向 蛋白质和核酸三维结构预测、动力学及功能 重要酶催化反应机理 配体-受体相互作用 生物体系中的电荷传递过程 生物体系中光化学反应 脑红蛋白和CO结合机理的QM/MM研究 1.课题背景 1.课题背景 1.课题背景 1.课题背景 1.课题背景 1.课题背景 1.课题背景 1.课题背景 1.课题背景 2. 待解决的问题 3. 研究思路 计算所采取的模型和参考的晶体结构 计算所采取的模型和参考的晶体结构 4.脑红蛋白和CO的结合机理 4.脑红蛋白和CO的结合机理 4.脑红蛋白和CO的结合机理 4.脑红蛋白和CO的结合机理 4.脑红蛋白和CO的结合机理 4.脑红蛋白和CO的结合机理 1.课题背景 金属催化的C-H键胺化，是C-N键形成的一个重要合成方法，是烃类活化研究的热点 1.课题背景 然而，烯基和芳基中C-H键的胺化是较少被研究的 2.实验结果 2.实验结果 2.实验结果 反应机理 2.计算结果---验证实验推断的反应机理 分步机理 2.计算结果 协同机理 2.实验结果---验证计算推断的分步机理 cis-17和trans-17两种异构体按照1:1比例混合，反应得到一种异构体18 2.计算结果---C-N键形成的本质？？ 共振式C1和C2 2.计算结果 共振式---反应机理 2.计算结果 2.计算结果 2.实验结果---验证电环化机理 2.计算结果 2.实验结果---验证电环化机理 2.实验结果---验证电环化机理 3.结论 实验和计算都认为反应是按分步机理进行的 C-N键的形成是类似电环化的反应 Gaussian03 摘自Gaussian手册 求职应注意的礼仪 求职时最礼貌的修饰是淡妆 面试时最关键的神情是郑重 无论站还是坐，不能摇动和抖动 对话时目光不能游弋不定 要控制小动作 不要为掩饰紧张情绪而散淡 最优雅的礼仪修养是体现自然 以一种修养面对两种结果 必须首先学会面对的一种结果----被拒绝 仍然感谢这次机会，因为被拒绝是面试后的两种结果之一。 被拒绝是招聘单位对我们综合考虑的结果，因为我们最关心的是自己什么地方与用人要求不一致，而不仅仅是面试中的表现。 不要欺骗自己，说“我本来就不想去”等等。 认真考虑是否有必要再做努力。 必须学会欣然面对的一种结果----被接纳 以具体的形式感谢招聘单位的接纳，如邮件、短信 考虑怎样使自己的知识能力更适应工作需要 把走进工作岗位当作职业生涯的重要的第一步，认真思考如何为以后的发展开好头。 Thank you 球模型 球棍模型 管状模型 混合模型 Databases Crystal DNA Databases Polymers 理论方法 3D 表面 3D 静电势表面 3D 总电荷密度 2D 静电势表面 Property Orbital Electronic Spectrum Molecular Dynamics 便宜易得 18.0kcal/mol C-N 键形成 1,2-H 迁移 28.0kcal/mol 从理论计算角度来讲 反应主要按分步机理进行 反应按分步机理进行 亲电进攻 类似电环化反应 Txt Text Text 从Ｂ到Ｃ是电环化过程 36.5kcal/mol 18.0kcal/mol 类似 无法形成 类似电环化的反应机理是正确的 计算化学面临的挑战是艰巨的，但也正在取得很大的进展，年轻化学家若对计算机有兴趣的话，那末计算化学是具有令人兴奋前景的研究领域。 ── 美国化学会会长 R.布里斯罗 Gaussian输入界面 NH3的几何构型优化输入窗口 NH3的振动频率计算输入窗口（作为优化的后继作业） Gaussian应用范围 Gaussian是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件，可以研究： 分子能量和结构 过渡态的能量和结构 化学键以及反应能量 分子轨道 偶极矩和多极矩 原子电荷和电势 振动频率，红外和拉曼光谱，NMR 极化率和超极化率 热力学性质，反应路径 计算可以模拟在气相和溶液中的体系,模拟基态和激发态 ?? 分子的能量和结构 ?? 过渡态的能量和结构 ?? 振动频率 ?? 红外和拉曼光谱 ?? 热化学性质 ?? 成键和化学反应能量 ?? 化学反应路径 ?? 分子轨道 ?? 原子电荷 ?? 电多极矩 ?? NMR 屏蔽和磁化系数 ?? 振动圆二色性强度 ?? 电子亲和能和电离势 ?? 极化和超极化率 ?? 静电势和电子密度 单分子性质 集团性质 不可测量性质 GaussView 3.0 显示 Gaussian 计算结果 分子轨道 原子电荷 由电子密度、静电势场、NMR屏蔽以及其他性质得到的表