生物信息学2010年(第三版).pdf

生物信息学札记（第3 版） 樊龙江   浙江大学作物科学研究所 浙江大学生物信息学研究所 浙江大学 IBM生物计算实验室 浙江大学沃森基因组科学研究院         2010年1月 本材料可通过下列网址获得： /bioinplant/ 前言 第一版 这份材料是我学习和讲授《生物信息学》课程时的备课笔记，材料大多是根据当时收集的一 些外文资料翻译编辑而成。学生在学习过程中经常要求我给他们提供一些中文的讲义或材 料，这促使我把我的这份笔记整理并放到网上，供大家参考。要提醒使用者的是，这份材料 仅是根据我对生物信息学的一些浮浅的认识整理而成，其中的错误和偏颇只能请读者自鉴 了。 2001年6月 第二版 自1999年开始接触生物信息学以来，一晃已近六年，而本札记也近四岁了。2001和2002年中 国科学院理论物理所的郝柏林院士在浙江大学首次开设生物信息学研究生课程，我作为他的 助教系统地学习了生物信息学；同时，借着我国水稻基因组测序计划的机遇，在他的带领下 从2001年开始从事水稻基因组分析，从此自己便完全投入到这一崭新、引人入胜的领域中 来。 不断有来信向我索要本札记的电子版文件，同时在不少网站上看到推荐该札记的内容。生物 信息学、基因组学等发展很快，现在再回头审看该札记，有些部分已惨不忍读，这促使我下 决心更新它。但因时间和学识问题，还是有不少部分自己不甚满意，就只有待日后再努力 了。我的硕士生温晓协助收集了部分资料。欢迎告诉我札记中的BUG，我的信箱 fanlj@ 或bioinplant@。 2005年3月30日 第三版 近年来高通量测序技术产生的序列数据大量出现（如小RNA和大规模群体SNP数据），本次更 新根据这一进展增加了两章内容，分别是第七章有关小RNA的分析和第八章遗传多态性及正向 选择检测。两章内容由我的博士生王煜为主编写，李泽峰和刘云参与了文献整理。另外还更 新了第四章有关水稻基因组分析一节。 2010年1月 简要目录 第一章 生物信息学通论 第二章 分子数据库 第三章 序列分析与比较 第四章 基因组测序与分析 第五章 分子进化 第六章 蛋白质结构与功能预测 第七章 内源非编码小RNA分析 第八章 遗传多态性及正向选择检测 附录： 生物信息学主要英文术语及释义 与核苷酸和蛋白质序列相关的特征关键词表 核苷酸和氨基酸代码 主要分子生物信息数据库 生物信息学主要分析软件   第一章 生物信息学通论 第一节 生物信息与生物信息学 一、迅速膨胀的生物信息 二、生物信息学的概念 第二节 生物信息学发展简史 第三节 基因组时代：生物信息学的应用与展望 第二章 分子数据库 第一节 初级数据库 一、DNA数据库 二、基因组数据库 三、蛋白质序列数据库 四、蛋白质结构数据库 第二节 初级序列数据的注释 第三节 数据库信息检索系统 第四节 数据库的冗余与偏误 第五节 向数据库发送序列数据及其它 第三章 序列分析与比较 第一节 序列组成和单一序列分析 一、碱基组成 二、碱基相邻频率 三、同向重复序列分析 四、DNA序列的几何学分析——Z曲线 第二节 序列联配 一、Ne