Hsa-miR-106b-25簇的靶基因预测及生物信息学分析.pdfVIP

医学研究生学报2015年 10月 第28卷 筮 』 P0丝巡 lv ： ： !竺 ·1023 · 论 著 (基础研究) Hsa—miR一106b一25簇的靶基因预测及生物信息学分析 宋亚芹，付文博，卢 沐，刘 洋，魏育涛 【摘要】 目的 Hsa—miR一106b-25簇涉及肿瘤的多种生物学过程，文中对 hsa—miR一106b一25簇：miR一106b、miR一93、miR一25 进行靶基因的预测及功能分析 ，为进一步研究这3个miRNAs的功能及他们之间的相互作用调节机制提供线索。 方法 应 用 miRBase数据库获取miR一106b、miR-93及miR-25的序列信息 ，选择TargetScan、PicTar、miRanda3种在线靶基因预测软件分 别预测它们的靶基因，取交集并结合miRTarbase数据库中3种及3种以上实验验证过的靶基因作为进一步生物信息学分析 的基因集合；分别对基因集合进行生物过程的功能富集分析，pathway分析及蛋白互作分析。 结果 hsa—miR一106b一25簇的 预测靶基因富集于多个生物学过程及功能，其生物过程主要集中于：大分子新陈代谢调节、代谢过程的调节、细胞周期；KEGG 通路主要富集于：胶质瘤、黑色素瘤、前列腺癌、胆囊癌等肿瘤相关通路，蛋白互作显示基因簇中3个成员miRNA的预测靶基 因编码蛋白质间存在复杂的相互作用，靶基因KAT2B、PTEN、TP53、CDH1、MDM2、E2F1、RB1、SMAD7编码蛋白在互作网络中 具有核心地位。 结论 miR-106b-25簇中的3个成员通过调控细胞周期的转换作用于肿瘤通路过程进而调节下游靶蛋白参 与肿瘤 的发生过程。 【关键词】 hsa—miR．106b-25簇；miR一106b；miR-93；miR-25；肿瘤；生物信息学分析 [中图分类号】 G250．74 [文献标志码】A 【文章编号】 1008．8199(2015)10—1023-05 D【OI】 10．16571／j．cnki．1008．8199．2015．10．004 Targetgenesofthehsam·iR·106b-25cluster：Predictionandbioinformaticanalysis SONG Ya．qin ，FU Wen．bo ，LU Mu ，LIU Yang ，WEIYu—tao (1．TheMedicineDepartmentofShiheziUniversity，Shihezi832000，Xinjiang，China；2．DepartmentofCardiology， PeopleSHospitalofXinfiangUygurAutonomousRegion，Urumqi830000，Xinjiang，China；3．DepartmentofTho— racicandCardiovascularSurgery，theFirstAffiliatedHospitalofShiheziUniversitySchoolofMedicine，Shihezi 832008，Xinjiang，China) [Abstract] Objective Thehsa—miR一106b-25geneclusterisinvolvedinvariousbiologicalprocessesofcarcinoma．Thisstudy aimsatapredictionandfunctionnaalysisofthehsa-miR-106b-25genecluster，miR-106b，miR-93，andmiR-25，SOastoprovidesome evidenceforfurtherstudiesonthefunctionsofthethreemiRNAsnadthemechnaismsoftheirinteraction． Methods Weobtainedthe sequencesofmiR-106b，miR-93