三角帆蚌GPX基因结构特征及其抗性相关SNP的筛选.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2012 11 , 34(11): 1456―1464 ISSN 0253-9772 研究报告 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.01456 三角帆蚌GPX 基因结构特征及抗性相关SNP 的筛选 1 1 1, 2 李西雷 , 汪桂玲 , 李家乐 1. , , 201306; 2. E , 201306 根据三角帆蚌(Hyriopsis cumingii )谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase, GPX)基因cDNA 序列, 通过PCR 和基因组步移法, 从三角帆蚌基因组DNA 中扩增出GPX 基因全长及其 5′调控区。序列分析表明, 该基因序列全长6 708 bp, 含有2 个外显子, 1 个内含子。5′调控区为992 bp, 含有启动子的核心序列TATA 盒 以及其他一些转录调控元件, 如AP1 、C/EBP 、CdxA 。2 个外显子长度分别为273 bp 和991 bp,内含子长度为 4 491 bp 。通过直接测序法在三角帆蚌抗性群体和易感群体中筛选GPX 基因的 SNPs, 并研究这些多态性位点 与抗逆性状的相关性。共获得了 16 个 SNP 位点, 其中启动子区的A-99G 位点、A-86C 位点、A-49C 位点, 内 含子区的A2841T 位点、C2847T 位点、G3146C 位点、A3150G 位点以及G4645T 位点共 8 个SNP 位点的基因 型频率和等位基因频率在抗性和易感群体中均存在显著性差异(P0.05) 。连锁不平衡分析结果显示 GPX 基因 A-86C 位点、A-49C 位点、C2847T 位点、A3150G 位点与 G4645T 位点之间, 以及A2841T 位点与 G3146C 位 点之间均存在强连锁不平衡。同时单倍型分析发现, 在抗性群体中单倍型分别为 ACTGT 和 TG 的个体出现的 频率显著高于易感群体中出现的频率。这些结果表明, GPX 基因的部分 SNPs 可作为三角帆蚌抗病辅助育种的 候选分子标记。 三角帆蚌; GPX 基因; SNP; 抗性性状 Identification of genomic structure and resistance trait associated SNP loci in glutathione peroxidase gene of Hyriopsis cumingii 1 1 1, 2 LI Xi-Lei , WANG Gui-Ling , LI Jia-Le 1. Key Laboratory of Freshwater Fishery Germplasm Resources, Ministry of Agriculture , Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China; 2. Aquaculture Division , E-Institute of Shanghai Universities, Shanghai 201306, China Abstract: Based on the cDNA sequence of GPX in Hyriopsis cumingii, the complete genomic DNA of GPX gene and it′s 5′-flanking region were identified from H. cumingii using PCR and genome walking technique. The length of the co