利用种子序列检测山羊皮肤中microRNA靶基因分子方法的建立.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2012 7 , 34(7): 919―926 ISSN 0253-9772 技术与方法 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.00919 利用种子序列检测山羊皮肤中microRNA 靶基因分子 方法的建立 1,2,3 1,2 2 1,2 1,2,3 付绍印 , 赵德超 , 赵宏丽 , 李金泉 , 张文广 1. , 010018; 2. , 010018; 3. ATCG , 010020 文章旨在建立一种种子序列介导的可控遗传操作—microRNA 靶基因指纹图谱(MicroRNA targets finger print , MTFP), 用于在基因表达检测中筛选与特定microRNA 相关的靶基因。在设定上游种子序列的互补序列 和下游锚定序列的基础上添加特殊接头, 通过反转录和特殊二步 PCR 将 microRNA 的靶基因扩增; 扩增后的 microRNA 靶基因在聚丙烯酰胺凝胶电泳中检测其片段大小和表达丰度, 用于筛选在不同生理状态或试验条件 下特异表达的基因; 特定的靶基因序列通过 DNA 回收和测序方法得到。以miR-203 为例, 在不同生理状态的 山羊皮肤样品中获得了5 条大小分别为718 bp(JN709494) 、349 bp(JN709495) 、243 bp(JN709496) 、156 bp(JN709497) 和97 bp(JN709498) 的靶基因序列。MTFP 经济适用、可操作性强, 可用于探索microRNA 调节的靶基因, 或用 来评估靶基因的表达谱特征。 microRNA; 表达丰度; 靶基因指纹图谱; 山羊; 皮肤 A method for screening microRNA target genes in goat skin by mi- croRNA seed sequence mediated PCR 1,2,3 1,2 2 1,2 FU Shao-Yin , ZHAO De-Chao , ZHAO Hong-Li , LI Jin-Quan , ZHANG Wen- Guang1,2,3 1. Animal Genetics Breeding and Reproduction Autonomous Region Key Laboratories, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, China; 2. Animal Science College , Inner Mongolia Agricultural University , Hohhot 010018, China; 3. Institute of ATCG , Nei Mongol Bio-Information , Hohhot 010020, China Abstract: The purpose of the present study was to establish a new microRNA seed mediated controllable genetic opera- tion, namely MicroRNA Targets Finger Print (MTFP), for screening microRNA targets and detecting target gene expression profiles. Based on combining the comple