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2012 年 第 57 卷 第 24 期：2269 ~ 2275 《中国科学》杂志社 论 文 SCIENCE CHINA PRESS 利用磁镊研究促旋酶与DNA 的结合 张志强, 刘玉如, 谢平, 李伟, 窦硕星, 王鹏业* 中国科学院物理研究所软物质物理重点实验室, 北京凝聚态物理国家实验室, 北京 100190 * 联系人, E-mail: pywang@ 2012-04-09 收稿, 2012-05-20 接受 国家自然科学基金和国家重点基础研究发展计划(2009CB930704)资助 摘要 促旋酶(gyrase)在原核生物的生命活动中扮演着重要的角色, 它是已知拓扑异构酶中, 唯一 关键词 能够向DNA 引入负超螺旋的酶. 本文中, 我们利用磁镊(magnetic tweezers)对促旋酶和DNA 的相 促旋酶 互作用进行了单分子实时观测. 实验发现, 在不加入ATP 时, 促旋酶能够同时与两段DNA(G 片段 DNA 超螺旋 和T 片段)结合, 但这种结合较弱, 施加0.7 pN 的外力就能逐渐破坏两者的结合; 但加入高浓度的 单分子 诺氟沙星后, 促旋酶与DNA 的结合明显增强, 甚至能够抗衡5.9 pN 的外力. 促旋酶还会影响超螺 旋的几何尺度: 不加入促旋酶时, DNA 超螺旋的几何尺度由DNA 所受拉力决定, 而加入促旋酶后, 超螺旋DNA 几何尺度变小, 并且主要由DNA 与促旋酶的相互作用而不再是所受拉力所决定. 而 且促旋酶与正负超螺旋的结合能力不同, 它更容易与正超螺旋结合. 同时, 发现促旋酶从 DNA 上 解离的时间符合双指数分布. 我们提出的模型能够很好地解释这个分布, 并与他人提出的模型的 结果进行了比较. 拓扑异构酶能够调节 DNA 的拓扑结构, 是一类 是非常好的抗菌素靶点. 喹诺酮就是一类广泛使用 [12] 非常重要和保守的酶, 它们广泛存在于生物界中. 拓 的以促旋酶为靶点的抗菌素 . 扑异构酶能够引入和消除DNA 超螺旋、纽结和连环 已经有很多方法用于研究促旋酶和DNA 的相互 等拓扑结构, 这涉及到 DNA 复制、转录、修复和重 作用. DNA 酶足迹法和外切酶消化实验显示与 [1~3] [13~15] 组等最基本、最重要的生命过程 . 促旋酶结合的 DNA 片段约 140 bp . 这段 DNA 拓扑异构酶可以分为两大类: 型和型. 型 以右手超螺旋的方式缠绕于 GyrA 亚基的 C 端[16,17]. 拓扑异构酶暂时切开双链 DNA 中的一条链, 使两条 晶体结构[18~20]显示, 促旋酶与 DNA 的结合会使促旋 链绕彼此旋转, 从而解开 DNA 正负超