No.10_蛋白质组及生物信息学.ppt

蛋白质组与生物信息学 一、概述 最早于1994年由澳大利亚一位博士后Wilkins提出,指的是“一个细胞或一个组织基因组所表达的全部蛋白质。” 整体性、动态性和系统性 Representation of a eukaryotic Cell 蛋白质组学(proteomics),就是从整体的角度,分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态,了解蛋白质之间的相互作用与联系,揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律的一个新的研究领域 蛋白质组概念： Initial goal was to rapidly identify all the proteins expressed by a cell or tissue – a goal that has yet to be achieved for any species! Proteomics includes not only the identification and quantification of proteins, but also the determination of their localization, modifications, interactions, activities, and, ultimately, their function. 二、 蛋白质研究的简要史 1975年 双向凝胶电泳技术 1986年 第一个蛋白质序列数据库SWISS- PROT 1997年 出版了第一部蛋白质组学的专著 2000年3月 首次发表了一个生物体的完整蛋白质组 2001年6月和2001年2月 公布了人类基因组框架图和序列图谱 三、蛋白质组学的研究内容 组成蛋白质组: 一个细胞或组织或机体中所有蛋白质的时空表达状况分析 功能蛋白质组: 蛋白质细胞定位、蛋白酶活性、蛋白质与蛋白质相互作用的连锁关系及其由此实现的信号传递与调控作用 第二节 蛋白质组学研究范畴 蛋白质--蛋白质 蛋白质--核酸 蛋白质及其组成质点的分离、分析、鉴定 蛋白质结构分析 生理、病理或不同发育状态下蛋白质组表达差异 蛋白质信息库 一、蛋白质-蛋白质 1 蛋白质亚基聚合：构像改变；四级结构 2 交叉聚合：同工酶（LDH） 3 分子识别：（如抗原-抗体） 生物大分子间特异性、专一性的识别和结合 构像互补或构像变化 化学基团相互间足够的结合力 4 分子自我装配：大分子的相互识别和结合 5 多酶复合体：多种酶相互结合形成一种新的结构。 蛋白质间的相互作用力 蛋白质内部：肽键 蛋白质间：非共价键 氢键 范德华力 疏水键 离子键 四、蛋白质组研究的主要技术方法 1 .样品处理方法  （1）色谱 （2）亚细胞分级 （3）激光解剖单细胞水平样品制备 （4）电荷分级与亲和分级 （5）变性剂及表面活性剂的作用 2. 二维凝胶电泳技术 (2DE) 双向电泳,蛋白质组学研究中的核心技术之一, 能够连续地在一块胶上分离数千种蛋白质 包括样品制备、等电聚焦、平衡转移、SDS斑点染色、图像捕捉和图谱分析等步骤  Silver stained 2-D gels from tissue samples of rabbit hearts. 2-DE遇到的困难 酸性和碱性蛋白质的分析, ＭＷ较小和较大的蛋白质的分析, 低含量蛋白质的分析, 变性后分离不能反映原始状态, 疏水性较强的蛋白质分析, 3. 蛋白质鉴定—质谱鉴定技术 (MS) 基质辅助激光解析电离质谱(MALDI MS): 利用基质吸收激光的能量使得固相的多肽样品离子化 电喷雾电离质谱(ESI MS): 在喷射过程中利用电场完成多肽样品的离子化 通过测量肽段离子相关参数,如飞行时间(ＴＯＦ),即可计算得到准确的肽段质量 通过稳定同位素标记,还可以用质谱进行蛋白质的定量分析。 质谱技术还可用于鉴定蛋白质复合物组成、确定蛋白质翻译后修饰的类型与发生位点等 4. 蛋白质相互作用分析—酵母双杂交技术 分析蛋白质间的相互作用及方式,认识与特定生理活动相关的蛋白质网络,绘制蛋白质相互作用图谱(interaction mapping)） 是一种在细胞内检测蛋白质的相互作用的技术,无需分离纯化蛋白质,是实现大规模高通量分析的主要方法 蛋白质相互作用研究方法 酵母双杂交系统： 灵敏度较高的蛋白质间相互作用的方法。 酵母杂交系