蛋白质功能注释系统与二级数据库的构建及顺式自然反义转录本的鉴定与进化分析解析.pptVIP

第章 * （1）相向：两个基因的最后一个外显子都参与重叠。（2）逆向：第一个外显子都参与重叠。（3）全部：一个基因的所有外显子都被另外一个基因的外显子所覆盖。（4）包含：一个基因的转录区被另外一个的转录区所覆盖。（5）内含：一个基因从另外一个基因的内含子区启动转录。（6）剩下的SA对都被归入其它。每一对基因独一无二的分入到一个特定的类别中。当存在冲突时，定义最严格的类别优先。优先级如下所示：全部包含内含逆向相向其它。 相向可能和3’ UTR中的调控元件有关，后者经常影响mRNA的稳定性 (Lavorgna et al. 2004)。反向则往往意味着共同调节的重叠的启动子 (Munroe 2004)。包含和内含则可能意味着反义RNA调节了正义mRNA前体的剪切 (Lehner et al. 2002)。完全这个模式因为其特殊的基因结构和极高的丰度而被提出 (Munroe 2004; RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group) and the FANTOM Consortium et al. 2005)。一个基因起始于另外一个基因的上游，终止于它的下游；这样前者可能和后者的启动子区配对，抑制后者的转录起始 (Akhmanova