基因网络概述.pptVIP

Moreno-Risueno et al. 2010. Curr Opin Plant Biol. genome-scale的基因网络构建流程： guilt by association：相同共表达簇的基因假设受相同或相似转录因子调控，归属于相同或相似转录模块或亚网络。 genome-scale的基因网络实例 Lee Insuk, et al. 2010. Nat Biotechnol Lee Insuk, et al. Pnas 19647 (73%) genes ≈50% of the 41203 rice genes AT1G80710 is a regulator of drought sensitivity. AT3G05090 is a regulator of lateral root development. Discovery of ROX1, ROX2, and ROX3, three Regulators of XA21-Mediated Immunity. 展望 但eQTL分析在植物中还处于起始阶段，在今后的实验中，应该开发和评估新的实验设计，而不应该局限于现在的双亲杂交，例如：多系杂交、高级杂交以及自然生态型群体。遗传研究的趋势会更深入（多水平上）和广泛（大规模以及更多的因素包括环境因素），这就需要开发一种可以更高效以及精确的方法来重建基因网络。 随着实验设计、QTL 分析、候选基因分析和调控网络构建等新方法的不断发展，蛋白质组、代谢物组等的检测手段的进一步完善，遗传基因组学的内涵将从表达QTL 扩展到蛋白质QTL 以及代谢物QTL。结合传统微阵列数据，基因功能信息，遗传基因组学将在复杂生物学性状的研究以及构建代谢和发育途径的基因调控网络中发挥更大的作用。 genome-scale的基因网络构建尚处于起步阶段，目前只有拟南芥和水稻有相应的功能基因网络。 LOGO 基因表达调控和基因网络 徐晓洋 基因表达调控 1 植物基因网络 3 遗传基因组学简介 2 1. 基因表达调控 基因表达(gene expression)--基因转录及翻译的过程。 rRNA、tRNA的合成属于基因表达 中心法则(the central dogma)： 基因表达的时空特异性 时间特异性(temporal specificity) 某一基因的表达严格按特定的时间顺序发生。 空间特异性(spatial specificity) 在个体生长全过程，某种基因产物在个体按不同组织空间顺序出现 基因表达的方式 1、组成型表达（constitutive?gene?expression） 指在个体发育的任一阶段都能在大多数细胞中持续进行的基因表达。其基因表达产物通常是对生命过程必需的或必不可少的，且较少受环境因素的影响。这类基因通常被称为持家基因（housekeeping?gene）。 2、诱导和阻遏表达 诱导（induction）：是指在特定环境因素刺激下，基因被激活，从而使基因的表达产物增加。这类基因称为可诱导基因。 乳糖 → 利用乳糖的三种酶表达 阻遏（repression）：是指在特定环境因素刺激下，基因被抑制，从而使基因的表达产物减少。这类基因称为可阻遏基因。 色氨酸 —色氨酸合成酶系 ? 3、协调表达 在一定机制控制下，功能相关的一组基因，协调一致，共同表达。 基因表达的调控方式 2. 遗传基因组学简介 遗传基因组学概念 2001年，Janson Nap提出了遗传基因组学(genetical genomics)的概念：将全基因组中的每个基因的mRNA表达量作为数量性状，对其进行QTL定位分析，即基因表达的数量性状定位分析技术(expression QTL, eQTL)，又叫遗传基因组学。 Jansen Nap. 2001. Trends Genet. eQTL的实质 eQTL以一个分离群体中不同个体(基因型)或者是有其它遗传结构的群体作为样本，运用QTL分析方法分析特定基因转录丰度差异而得到的一些遗传区域，转录丰度用于作为个体中基因表达水平的衡量方式，并且作为一个性状来分析(eTrait),就像其它的表型性状(pTrait)，例如植株高度和产量一样。 eQTL与表型QTL有许多共通之处，研究表型QTL的方法及要点均适用于eQTL。 eQTL就是染色体上的一个区域，代表DNA序列变异很可能的遗传位点，是引起在这个群体间转录丰度可检测的变异的原因。 一个基因可以有一个或多个eQTLs。大规模的mRNA profiling技术一次实验可以检测到成千上万的eQTLs，拓展了多种物种中基因组范围eQTL的定位。