生物信息学实例分析.ppt

比较结果保存在TvLDH-1bdmA.pap中 3.4 Model building 建立本步计算文件model-single.py，依据模板匹配结果构建TvLDH的三维结构 编写并提交本步的sge脚本model-single.qsub #!/bin/bash #$ -cwd #$ -j y #$ -S /bin/bash # mod9.9 model-single.py model-single.py的内容 本步计算得到5个TvLDH三维结构 Model-single.log 一个结构TvLDH.pdb 3.5 Model evaluation 建立计算文件evaluate_model.py，通过计算能量等方式对建立的三维结构进行评估 编写并提交该步计算的sge脚本evaluate_model.qsub #!/bin/bash #$ -cwd #$ -j y #$ -S /bin/bash # mod9.9 evaluate_model.py evaluate_model.py的内容 评估结果保存在.log文件和.profile文件中 三 使用Gromas进行分子动力学模拟 请在生物信息中心网站下载example2 The End! * Bioinformatics * Bioinformatics 生物信息学高性能计算平台 应用实例分析 Bioinformatics Center Lingyun Zou Tel: 023-6877193 CellEmail : lyzou@ Outline 多个肠道杆菌全基因组比对实例 使用modeller进行蛋白质结构模拟 使用Gromacs进行分子动力学模拟 1、肠道杆菌不同菌株全基因组比较 问题： 对以下六个肠道杆菌的全基因组序列进行比对分析 1、Escherichia coli O157:H7 str. EC4115 2、Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 3、Shigella flexneri 2a str. 2457T 4、Shigella flexneri 2a str. 301 5、Klebsiella pneumoniae 342 6、Klebsiella pneumoniae NTUH-K2044 分析方法 第一种策略： SSH登录高性能计算系统，继续SSH登录某个计算节点 使用Mauve软件（/disk1/biosoft/Mauve2.3.1）进行比对 分析比对结果 第二种策略： SSH登录高性能系统 编写计算脚本，使用Mauve软件进行比对 提交计算任务 分析计算结果 第一种策略 SSH登录某个计算节点 使用Xmanager登录高性能计算系统 登录计算节点，如登录compute-0-5的命令为： [zouly@big ~]$ ssh compute-0-5 上传6个基因组数据到当前目录 启动Mauve程序：/disk1/biosoft/mauve_2.3.1/Mauve 输入序列，执行比对 分析比对结果 第一种策略演示 第1步：使用Xmanager软件SSH登录系统 第2步：下载6个基因组数据到当前目录 NC_000913.gbk，bp NC_004337.gbk，bp NC_004741.gbk，bp NC_011283.gbk，bp NC_011353.gbk，bp NC_012731.gbk，bp 第3步：启动mauve程序： [zouly@big mauve-test]$ /disk1/biosoft/mauve_2.3.1/Mauve 第4步：导入序列，执行比对 第5步：显示和分析比对结果 第二种策略 使用Xmanager登录高性能计算系统 从基因组ftp数据库下载6个基因组数据 编写计算任务的sge脚本 提交脚本，执行运算 分析比对结果 第1 步: SSH登录高性能计算系统 第2步：下载基因组数据到当前目录 /disk1/zouly/mauve-test/NC_000913.gbk，bp /disk1/zouly/mauve-test/NC_004337.gbk，bp /disk1/zouly/mauve-test/NC_004741.gbk，bp /disk1/zouly/mauve-test/NC_011283.gbk，bp /disk1/zouly/mauv