基于Logistic回归模型的时变结构基因调控网络构建.pdfVIP

第27 卷摇 第7 期 模式识别与人工智能 Vol.27摇 No.7 2014年7月 PR AI July 2014 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 基于Logistic 回归模型的 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 * 摇 摇 摇 摇 摇 时变结构基因调控网络构建 摇 1,2 1 倪小虹 摇 摇 孙应飞 1(中国科学院大学 电子电气与通信工程学院摇 北京 100080) 2(北京联合大学 基础部摇 北京 100101) 摘摇 要摇 目前,由大多数基因调控网络的重构方法推导出的网络结构是静态的,即不随时间改变.但在细胞周期或 一个有机体的不同生长阶段,调控网络的拓扑结构会发生显著变化.这为深入了解基因调控的时空机制带来困难. 因此,文中提出一种基于时延互信息和核权重l 正则化Logistic 回归模型学习时变结构基因调控网络的算法.将其 1 应用于两种生物情景数据:黑腹果蝇在不同阶段的肌肉发育和酿酒酵母苯菌灵中毒后的反应.实验结果显示,该方 法能反映不同细胞状态对基因间相互作用的影响,有效获取基因调控网络随时间变化的动态效应. 关键词摇 基因调控网络,互信息,l 鄄正则化,Logistic 回归 1 中图法分类号摇 TP399 Time鄄Varying Gene Regulatory Networks Construction Based on Logistic Regression 1,2 1 NI Xiao鄄Hong ,SUN Ying鄄Fei