分子动力学模拟法的研究糖类衍生物和_省略__葡萄糖协同转运蛋白2的相互作用_陈娇.pdfVIP

·1440 · 中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第 44 卷 第 10 期 2013 年 5 月 • 药理与临床 • 分子动力学模拟法研究糖类衍生物与钠-葡萄糖协同转运蛋白2 的相互作用 1, 2 2 1, 2* 1 2 2 陈 娇 ，王玉丽 ，徐为人 ，李晓博 ，赵桂龙 ，汤立达 1. 天津医科大学，天津 300070 2. 天津药物研究院 天津市新药设计与发现重点实验室，天津 300193 摘 要：目的 利用分子动力学模拟方法研究糖类衍生物与钠-葡萄糖协同转运蛋白 2 （SGLT2 ）相互作用过程，探索SGLT2 抑制剂的微观作用机制和构效关系。方法 同源模建 SGLT2 的结构，利用 GROMACS 程序包进行 SGLT2、SGLT2 和葡萄 糖复合物、SGLT2 与糖类衍生物的复合物等 8 个结构的模拟计算，通过轨迹分析配体与 SGLT2 之间及分解结构的相互作用 能，考察关键残基和配体的均方根涨落（RMSF ）。结果 分子动力学模拟得到的配体与受体的相互作用能比对接得分有更 高的实验结果相关性和筛选能力。SGLT2 参与相互作用的关键残基为 H80、K154、D158、Y290 ，较重要的残基可能为 N75 和 F453，辅助性残基可能为 W291 、Q295 和 S393 。配体之间具有比较一致的构象，片段 A 和 C 对受体结合具有更重要的 作用。A 片段构象固定，C 片段的体积、刚性和极性增加可以增加结合强度。结论 分子动力学模拟结果能够较好地表现配 体与 SGLT2 之间的相互作用，对于设计 SGLT2 抑制剂类新药具有较明确的指导作用。 关键词：糖类衍生物；钠-葡萄糖协同转运蛋白 2；相互作用能；分子动力学模型；钠-葡萄糖协同转运蛋白 2 抑制剂 中图分类号：R965.1 ；R977.15 文献标志码：A 文章编号：0253 -2670(2013)11 - 1440 - 08 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2013.11.016 Interaction of carbohydrate derivatives and sodium-glucose cotransporters 2 by molecular dynamic simulation 1, 2 2 1, 2 1 2 2 CHEN Jiao , WANG Yu-li , XU Wei-ren , LI Xiao-bo , ZHAO Gui-long , TANG Li-da 1. Tianjin Medical University, Tianjin 300070, China 2. Tianjin Key Laboratory of Molecular Design and Drug Discovery, Tianjin Institute of Pharmaceutical Research, Tianjin 300193, China Abstract: Objective To investigate the interactions between carbohydrate derivatives and sodium-glucose cotransporters 2 (SGLT2) using molecular dynamic (MD) method and to explore the mechanisms and structure-activity relationship of SGLT2 inhibitors. Methods The ho