青脊竹蝗、云南蝗和亚洲飞蝗线粒体基因组序列测定及其分析.pdf

青脊竹蝗、云南蝗和亚洲飞蝗线粒体基因组序列测定及分析 肖莉莉 摘要线粒体基因组作为研究基因组结构、功能和进化的最佳模型，相关研究 已经取得较为丰硕的成果。目前GenBank收录的节肢动物线粒体基因组数据已经 多达126种，但仅有非洲飞蝗(Locusta migratoria orientalis)两种直翅目昆虫线粒体基因组被完全测出。为了丰富直翅 (Gryllotalpa 目昆虫线粒体基因组数据，进一步深入开展直翅目昆虫线粒体基因组的结构与进 化特征的研究，本课题选取直翅目蝗总科网翅蝗科的青脊竹蝗(Ceracris nigricornis coriacea)、斑翅蝗科的亚洲飞蝗 nigricornis)、瘤锥蝗科的云南蝗(Yunnanites (Locusta migratoria 测序。完成三个物种线粒体基因组序列的拼接及注释工作之后，结合非洲飞蝗与 东方蝼蛄的线粒体基因组数据，主要从线粒体蛋白质基因、tRNA基因、rRNA基 因以及控制区四个方面对直翅目五个种的线粒体基因组进行了详细地比较及分 析。对线粒体蛋白质基因的碱基组成、密码子和氨基酸使用、tRNA和rRNA的二 级结构以及控制区的保守序列和茎环结构等方面进行了系统的比较与归纳，获得 以下结论： 1．青脊竹蝗、云南蝗和亚洲飞蝗的全线粒体基因组长度分别为15598bp、 个基因和一段富含AT的非编码控制区序列，基因排列顺序与已经报道的非洲飞蝗 的基因顺序和转录方向完全一致，由典型的节肢动物线粒体tIuNA的KD排列转变 为DK排列。与非洲飞蝗和东方蝼蛄比较发现，基因间隔区和基因重叠区的数目、 长度在五个直翅目物种中均较为相似，问隔序列最长之处皆位于tRNAs廿(汕∞与 NDl基因之间。 2．青脊竹蝗、云南蝗和亚洲飞蝗的线粒体全部蛋白质编码基因的碱基组成具 有显著的偏向性。比较五种直翅目昆虫的蛋白质密码子第l、2、3位点的碱基组 成，发现一个共同的规律：密码子第2位点的T含量显著高出A含量的一倍多； 密码子第3位点的A，T含量最高，接近90％，且A和T的含量相当。J链编码的 蛋白质基因和N链编码的蛋白质基因的密码子第3位点碱基组成偏斜率存在较大 差异，J链富含AC，N链富含TG。分析结果表明线粒体基因组存在很强的GC_—，AT 的进化选择压力，且J链和N链所承受的进化选择压力有所不同。 3．比较五种直翅目昆虫蛋白质基因起始与终止密码子，其中，青脊竹蝗、云 南蝗、亚洲飞蝗与非洲飞蝗的线粒体蛋白质基因的起始密码子使用比较类似，有 区别，而云南蝗、亚洲飞蝗和非洲飞蝗的COl起始密码子比较特殊，分别为CTG、 ATTA和ATAA。这四个物种在终止密码子使用方面，13个蛋白质基因多数使用完 整的终止密码子TAA或TAG，少数使用不完整的终止密码子TA或T。然而东方 蝼蛄的ND2起始密码子为GTG，且仅有3个基因有完整的终止密码子。 4．青脊竹蝗、云南蝗、亚洲飞蝗、非洲飞蝗和东方蝼蛄蛋白质基因的密码子 使用和氨基酸使用均具有极强的偏向性，同义密码子NNU和NNA的使用频率相 当高。氨基酸组成中Leu、Ile、Ser和Phe的含量最高，这四种氨基酸百分比之和 依次为43．8％，43．91％，43．07％，43．00％，42．69％。 5．青脊竹蝗、云南蝗和亚洲飞蝗线粒体基因组22个tRNA基因的顺序均与非 洲飞蝗相同，长度在63—72bp之间，tRNA二级结构在三个物种中也比较类似，共 的三叶草结构，碱基错配以G．U为主。 6．比较青脊竹蝗、云南蝗和亚洲飞蝗线粒体基因组两个rRNA基因的部分二 级结构，发现rRNA二级结构差异较大的部位主要存在于环区，而茎区相对保守。 7．发现了青脊竹蝗、云南蝗、亚洲飞蝗和非洲飞蝗线粒体控制区保守区域 BlockA、Block B、BlockE1、BlockE2及BlockF(云南蝗缺少BlockF)，且保守 区域BlockE1和Block E2与其间序列共同形成一个典型的茎环二级结构，5’端 以…TTATAT开始，3’端则以G㈧n(t)