生物信息学在园林中的应用.docVIP

生物信息学在园林植物的应用 拟南芥MYB基因生物信息学分析 MYB类转录因子家族是指含有MYB结构域的一类转录因子。MYB结构域是一段约51-52个氨基酸的肽段，包含一系列高度保守的氨基酸残基和间隔序列。参与植物苯丙烷类次生代谢途径的调节，苯丙烷类代谢是植物主要的3条次生代谢途径之一，它起始于苯丙氨酸，经过几个共同步骤后，分成两个主要分支途径，其中一条分支称为黄酮类代谢途径 ，主要与植物色素合成相关。R2R3-MYB转录因子作为调节蛋白广泛参与苯丙烷类代谢途径的调控 Graphic Summary Promoter Scan（/molbio/proscan/） 采用Promoter Scan预测其启动子区域，结果并未发现启动子区域。 CpGplot（http://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot/） 采用CpGplot分析MYB基因，发现CpG岛一处，长度为208bp，位置为50-257。 CPGPLOT islands of unusual CG composition NM_113317.4 from 1 to 1110 Observed/Expected ratio 0.60 Percent C + Percent G 50.00 Length 200 Length 208 (