第四章序列分析解决方案.ppt

* BIOINFORMATICS 数理与生物工程学院 * 同时，蛋白质进化过程中实际上也反映出重要氨基酸组群进化速率较慢而形成的保守性。这一结果体现在很多蛋白质家族成员中蛋白质序列之间的相似性可能只局限于某个序列区域或结构域中。因此，蛋白质超家族的概念现已发展为具有某种共同结构域的所有分子组成的分子集合。这一概念将蛋白质超家族进行了扩大。 * BIOINFORMATICS 数理与生物工程学院 * 这一点也反映在PDB数据库的处理中，即PIR数据库不只依据序列的相似性，而且还结合结构域的分析进行蛋白质家族和超家族分类。 如果发现一个未知蛋白质序列和较多不同种属或同一种属的蛋白质序列具有较高的同源性（大于50%），那么提示待分析的蛋白质序列可能是相应家族的成员，从而可以从分子进化的角度对蛋白质序列进行综合分析。 * BIOINFORMATICS 数理与生物工程学院 * 蛋白质的分子进化分析基本包括以下步骤： 1.用待分析的蛋白质序列检索蛋白质序列数据库，获 取同源性较高的蛋白质序列；此过程可直接通过NCBI/BLASTP软件进行； 2.将所有相关的序列组织成FASTA格式，作为后续进行Clustal W/X软件分析的输入数据； 3.采用Clustal W/X算法对这些序列进行聚类分析；此种分析可通过联网“http://www.ebi.ac.uk/clustalw/”（图4-24）进行，或者直接使用Clustal W/X软件进行； 4.根据蛋白质序列多重比对的结果绘制分子进化树：进化树绘制一般用本地化的软件实现，包括苹果机版的Mac Vector、DNAMAN、TreeView等。 图4-24 蛋白质多重序列比对（Clustal W/X）的网络界面 * BIOINFORMATICS 数理与生物工程学院 * 进行蛋白质的亲／疏水性分析时，也可使用一些Windows下的软件资源，例如BioEdit, DNAMAN等。图4-17中显示使用BioEdit软件采用Kyte和Doolittle算法对羊OPSD蛋白质进行亲／疏水性分析的结果，结果提示多个区域为疏水性区域。 图4-17 使用BioEdit软件对OPSD_SHEET蛋白质进行亲水/疏水分析结果示例 * BIOINFORMATICS 数理与生物工程学院 * 跨膜区分析 有多种预测跨膜螺旋的方法，最简单的是直接观察以20个氨基酸为单位的疏水性氨基酸残基的分布区域。但是同时还有多种更加复杂的、精确的算法能够预测跨膜螺旋的具体位置和它们的膜向性。这些技术主要是基于对已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase数据库，可通过匿名FTP获得（http://www.isrec.isb -sib.ch/ftp-server/tmbas），参见表4-4。 表4-4蛋白质跨膜区域分析的网络资源 资源 名称 网址 说明 TMPRED /software/ TMPRED_form.html 基于对Tmbase数据库的统计学分析 PHDhtm http://www.embl-heidelberg.de/Services/ sander/predictprotein MEMSAT ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk 微机版本 * BIOINFORMATICS 数理与生物工程学院 * 蛋白质的跨膜螺旋特征是可通过序列分析直接得到预测并获得较好结果的一个性质。蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位于膜的锚定蛋白或离子通道蛋白等。因而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。图4-18和图4-19为两个蛋白质跨膜螺旋区分析的常用软件TMHMM和TMPRED的网络界面。 图4-18 蛋白质跨膜螺旋区分析的常用软件TMHMM网络界面 图4-19 蛋白质跨膜螺旋区分析的常用软件TMPRED网络界面 * BIOINFORMATICS 数理与生物工程学院 * 前导肽和蛋白质定位 在生物体内，蛋白质的合成场所与功能场所常常被一层或多层细胞膜所隔开，这样就产生了蛋白质转运的问题。核糖体是真核生物细胞内合成蛋白质的场所，几乎在任何时候，都有数以百计或千计的蛋白质离开核糖体并被输送到细胞各个部分（如细胞质、细胞核、线粒体、叶绿体等），以补充细胞的物质成分和更新细胞功能。由于细胞各部分都有特定的蛋白质组分，因此，合成的蛋白质必须准确无误地定向运送才能保证生命活动的正常进行。 * BIOINFORMATICS 数理与生物工程学院 * 对于亚细