蛋白质结构与功能的生物信息学研究资料.docVIP

实验名称：蛋白质结构与功能的生物信息学研究 实验目的：1.掌握运用BLAST工具对指定蛋白质的氨基酸序列同源性搜索的方法。 2.掌握用不同的工具分析蛋白质的氨基酸序列的基本性质 3掌握蛋白质的氨基酸序列进行三维结构的分析所代表蛋白的修饰情况、所参与的代谢途径、相互作用的蛋白，以及与疾病的相关性搜索从分子水平讲则是指两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度。对生物不同蛋白质的氨基酸序列或不同的基因的DNA序列极性比对并从相应数据库中找到相同或相似序列/blast/ ↓ 输入序列后,运行blast工具 ↓ 序列比对的图形结果显示 序列比对的图形结果：用相似性区段（Hit）覆盖输入序列的范围判断两个序列的相似性。包含低得分的颜色区段，表明两序列的并非完全匹配。Clustal是一款用来对()的软件。可以用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助。Clustal包括Clustalx和Clustalw(前者是图形化界面版本后者是命令界面)，是生物信息学常用的多序列比对工具。比对结果有条，按得分降序排列，其中最大得分，最小分为代表打分矩阵，选择不同的打分矩阵到不同的打分结果ProParam是计算氨基酸理化参数常用的工具，提供计算蛋白质的分子量、理论等电点、氨基酸组成、原子组成、消光系数（extinction coefficient）、半衰期、不稳定系数、脂肪系数和总平均疏水性（GRAVY）等。 ↓ 登录网址：/protparam并输入序列号 ↓ ↓ 蛋白质的氨基酸组成、相对分子质量、等电点和原子组成。 结果1：该蛋白质序列的氨基酸数为1255个，相对分子质量为137910.5，等电点为5.58，由C、H、N、O、 S五种原子组成，共有19180个原子。 ↓ 消光系数、半衰期、不稳定系数、脂肪系数和总平均疏水性（GRAVY） 结果2：消光系数反映了蛋白在特定波长下吸收可见光或不可见光的能力，可用来测蛋白浓度。由上图知，该序列在280nm的波长下，假设所有成对的半胱氨酸残基形成胱氨酸假设所有的半胱氨酸残基都减少了30小时(哺乳动物的网织红细胞,体外) 20小时(酵母、体内) 10小时(大肠杆菌、体内)。蛋白质不稳定/protscale并输入序列号 ↓ ↓ GFAP亲疏水性分布图，横坐标为序列位置，纵坐标为氨基酸的标度值。Hphob.kyteDoolittle 标度（default)定义疏水性氨基酸较高的打分值（0值表示疏水性,0值表示亲水性。从图可看出，标度值0的区域比0的较为密集，因此，结合上面的GRAVY值为-0.247，预测该蛋白为亲水蛋白。 ↓ 利用TMPred工具对该蛋白进行跨膜区结构预测 登录网址/software/TMPRED_form.html ↓ ↓ 用TMHMM预测是否存在跨膜区 登录网址http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ ↓ ↓ 结果 蛋白质三维结构分析 ↓ 登录网址/，输入相应的序列号 ↓ ↓ 建模部分结果 ↓ 有A、B、C、D四条晶体结构的单链阵线 ↓ 登录/colipedia/index.php/ExPASy_proteomics_server 在ｄａｔａｂａｓｅ里面找到ｓｔｒｉｎｇ工具。 ↓ ↓ 输入序列号 ↓ 结果： 由结果可知，该蛋白质序列相互作用的蛋白有10个。所输入序列的代码为ERBB2。根据基本信息可知，ERBB2是表皮生长因子受体 EGFR)家族成员之一白血病病毒致癌基因同族体2蛋白酪氨酸激酶基因表达产物是几个细胞表面受体复合物的一部分,但这需要一个coreceptor配体结合Neuregulin受体复杂的重要组成部分,尽管neuregulin不单独与之交互。GP30是一个潜在的配体受体。调节产物和周边稳定微管(MTs)比对结果有条，按得分降序排列，其中最大得分，最小分为假设所有成对的半胱氨酸残基形成胱氨酸假设所有的半胱氨酸残基都减少了30小时(哺乳动物的网织红细胞,体外) 20小时(酵母、体内) 10小时(大肠杆菌、体内)。蛋白质不稳定TMPred工具对该蛋白进行跨膜区结构预测得到4个跨膜区，而用TMHMM预测则存在2个跨膜区。该蛋白质序列由4条链构成，通过相互作用分析得，该蛋白质序列相互作用的蛋白有10个，是表皮生长因子受体 EGFR)家族成员之一 各序列得分 第一个序列的匹配率为100% 第一个匹配序列 最优拓扑结构：2种模型都预测有4个蛋白质跨膜区。 提示有2个蛋白质跨膜区。其跨膜区比TMpred预测的结果少了2个。少了序列前面2个位置的跨膜区。 所输入序列的代码。 所输入序列的代码 相互作用的蛋白网络图 序列基