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第三章 分子结构和分子间作用力 3.1 基本要求 正如所有建筑都是由基本建筑块（砖瓦或现代预制板块）和粘结剂（石灰或水泥）构建，所有生物结构都有原子的分子构成。理解和掌握原子、分子如何构建生物的关键因素有两个： 基本建筑块的性质。在第二章，我们学习了构成分子的原子的结构性质，我们只需掌握大约40个左右的元素原子结构就足够了。在未来的有机化学和生物化学中，同学们将会学习到构成生物体的建筑块---各种有机分子的结构，例如基本氨基酸有20种，核酸基本碱基有5种，基本的核糖有2种，又称细胞膜磷脂的基本醇类有5种，等等，其数量和结构的复杂性将远远多于我们学习过的原子。但原子是构成所有分子的基本建筑块。 如何将这些建筑块粘结在一起。将原子粘结在一起依靠的是原子间形成各种化学键；而将分子粘结在一起，依靠的则是各种分子间作用力。这些是本章学习的内容。 本章学习内容的基本要求是： （1）路易斯价键理论和路易斯结构式 路易斯价键理论是高中课程的内容，但是路易斯价键是最简单实用的方法，并且路易斯结构式是书写分子结构的最常用方式。对此内容的复习和在量子力学价键理论的基础上重新掌握是本课程的必要内容。 （2）化学键的类型、力学本质、基本性质和由该化学键形成的物质种类和形态 基本内容总结在下表3-1中，应当理解并掌握共价键和离子键，金属键则不要求： 表3-1，化学键基本性质总结表 化学键类型 共价键 离子键 金属键 本质 成键的原子核对共享电子对的静电引力；成键原子间可共享1~3对电子 形成晶体的正负离子间的静电引力 金属离子和离域电子“海洋”间的静电引力 键参数 键能 键长、键角、键极性 键的多重性（单、双、三键） 晶格能 正负离子电荷和半径 离子堆积方式和晶胞参数 原子化热 晶胞参数 形成分子形态 气、液和固态分子，包括： ①无机和有机小分子 ②有机高分子和生物大分子 ③（无机大分子）原子晶体 固体：离子晶体或玻璃体 固体：金属晶体 特点 具有饱和性和方向性 ①不具有饱和性和方向性 ②熔融状态导电 ③解离形成电解质溶液 ①不具有饱和性和方向性 ②金属光泽和延展性 ③良导体 其中，共价键的本质及其性质是重点。键能的大小决定了分子的稳定性，键能越大分子越稳定。而键能的大小与键的多重性以及键长有关。一般的，键长越短，键能越大；键的多重数目越多，键能越大，键长越短。 共价键分子的几何形状取决于键长和键角。分子动态受到键多重性的限制：单键可以自由旋转，而双键和三键都将原子位置固定。分子的极性则取决于键极性和分子的几何形状。 （3）共价键分子的几何形状的理论预测 分子的整体几何形状取决于连接原子的共价键键长以及分子中结构中心原子的键角。分子中，每一个与两个以上原子结合的原子都是一个结构中心，一个分子可以有一个或多个结构中心原子，简称中心原子。 理论上，键角取决于中心原子的成键原子轨道之间的夹角。但是，我们可以依据中心原子的路易斯结构式以及价层电子对互斥理论（VSEPR）来预测键角，并进而预测只有一个中心原子的ABn型等简单分子的几何形状。对于多结构中心的分子形状预测则比较复杂，因为需要考虑结构中心之间的分子间引力等因素，对此本课程不做要求。 （4）共价键的本质 共价键的本质是原子间的静电引力。这种静电引力的来源是两个原子的带正电的原子核同时吸引位于两核之间的带负电的共用电子对。 共价键形成的过程就是两原子形成共用电子对的过程。根据量子力学的原理，原子的间用于形成共价键的两个原子轨道发生组合重叠，形成一个成键分子轨道和一个反键分子轨道。成键轨道的电子云集中于两个原子核之间，因而是能量较低；反键轨道的电子云处于原子核两侧，因而能量较高。原子双方各提供一个电子，自旋配对，填充于成键轨道，形成成键的共用电子对（此为正常共价键）；或者，由一方原子提供一对共享电子（此为配位共价键）。 因此，形成共价键时，原子轨道组合必须服从下列三原则---即分子轨道形成三原则： 对称性匹配：成键的原子轨道沿着相同的对称轴（x轴）或对称面进行组合重叠。由成键方式的对称性不同，可以将共价键分成两种类型： “头碰头”的?键：有?s-s（两个s轨道重叠）、?s-p（1个s轨道和1个p轨道沿对称轴重叠）和?p-p（2个p轨道沿对称轴重叠）三种； “肩并肩”的?键：通常有?z-z（2个pz轨道沿对称面重叠）和?y-y（2个py轨道沿对称面重叠）两种。 多重共价键由1个?键和1~2个?键构成： 单键：1个?键； 双键：1个?键 + 1个?键； 三键：1个?键 + 2个?键。 能量近似：决定了形成共价键的是能量近似的原子最外层的价层电子。 轨道最大重叠。轨道方向决定了共价键的方向性，轨道夹角决定了共价键的键角。 （5）杂化轨道理论解释分子几何形状的产生 虽然价层电子对互斥理论可以成功的预测中心