华中农业大学本科生物信息介绍.docVIP

1.生物信息学： 生物信息学是一门交叉学科。它包含了生物信息的获取、处理、存储、分发、分析和解释等在内的所有方面，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 研究内容： 以基因组DNA序列信息为源头，识别基因组序列中代表蛋白质和RNA基因的编码区，阐明非编码区的信息特征，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律；同时，归纳、整理与基因组遗传语言信息释放及其调控相关的转录谱和蛋白质谱的数据，从而认 识代谢、发育、分化、进化的规律。 研究方向： 生物学数据的收集、存储、管理与提供(GenBank 1.06*1011 bps) 基因组序列信息的提取和分析 (非编码区） 功能基因组相关信息分析 生物大分子结构模拟和药物设计 生物信息分析的技术与方法研究 分子进化与比较基因组学 研究方法： 基于数据挖掘的方法，如：统计方法、机器学习、神经网络等。 基于模拟分析的方法，如： 发展前景： 生物信息学将会揭示人类及重要动植物种类的基因的信息，为生物大分子结构模拟和药物设计提供巨大的帮助。生物信息学不仅对认识生物体和生物信息的起源、遗传、发育与进化的本质有重要意义,而且将为人类疾患的诊治开辟新的途径，还可为动植物的育种改良提供坚实的理论基础。生物信息学的发展已经超越了它最初的目标。现在可以说生物信息学的重要目标在于理解生物数据和揭示生命本质，但是它的前景仍然是不可估量的。可以肯定，在不远的将来，生物信息学的研究成果不仅被应用于生物、医学等相关领域，同时它将对其它学科，包括信息科学、数学、计算机科学物理学等的研究产生巨大的影响。 认识：。。。。。。 2.基因组：包含细胞或生物体的全套遗传信息的全部遗传物质 3.Encode project：Encyclopedia of DNA Elements（DNA元件百科全书） 目的：该项目旨在解析人类基因组中的所有功能性元件ENA（核酸序列数据库），Ensembl（基因组），ArrayExpress（基因表达数据），UniProtKB蛋白质序列，InterPro（蛋白质家族/域/蛋白指纹等）PDBe（大分子结构）(书上P19 7.LAMP 架构 LAMP架构：L — Linux 操作系统 A — Apache 网站服务器 M — MySQL数据库 P — PHP/Perl脚本语言 8.1 核酸数据库 8.2 蛋白质结构数据库 8.3代谢途径数据库 9动态规划 把多阶段过程转化为一系列单阶段问题，利用各阶段之间的关系，逐个求解，适用动态规划的问题必须满足最优化原理和无后效性。1.最优化原理（最优子结构性质） 最优化原理可这样阐述：一个最优化策略具有这样的性质，不论过去状态和决策如何，对前面的决策所形成的状态而言，余下的诸决策必须构成最优策略。简而言之，一个最优化策略的子策略总是最优的。一个问题满足最优化原理又称其具有最优子结构性质。 2.无后效性将各阶段按照一定的次序排列好之后，对于某个给定的阶段状态，它以前各阶段的状态无法直接影响它未来的决策，而只能通过当前的这个状态。换句话说，每个状态都是过去历史的一个完整总结。这就是无后向性，又称为无后效性。 3.子问题的重叠性 动态规划将原来具有指数级时间复杂度的搜索算法改进成了具有多项式时间复杂度的算法。其中的关键在于解决冗余，这是动态规划算法的根本目的。动态规划实质上是一种以空间换时间的技术，它在实现的过程中，不得不存储产生过程中的各种状态，所以它的空间复杂度要大于其它的算法。 人工神经网络具有四个基本特征：非线性?非线性关系是自然界的普遍特性。非局限性 一个神经网络通常由多个神经元广泛连接而成。一个系统的整体行为不仅取决于单个神经元的特征，而且可能主要由单元之间的相互作用、相互连接所决定。通过单元之间的大量连接模拟大脑的非局限性。非常定性 人工神经网络具有自适应、自组织、自学习能力。非凸性 一个系统的演化方向，在一定条件下将取决于某个特定的状态函数。工神经网络中，神经元处理单元可表示不同的对象，例如特征、字母、概念，或者一些有意义的抽象模式。网络中处理单元的类型分为三类：输入单元、输出单元和隐单元。输入单元接受外部世界的信号与数据；输出单元实现系统处理结果的输出；隐单元是处在输入和输出单元之间，不能由系统外部观察的单元。神经元间的连接权值反映了单元间的连接强度，信息的表示和处理体现在网络处理单元的连接关系中。真核基因的编码区是不连续的，又分为外显子和内含子，外显子能够转录出mRNA，编码出蛋