基于粒子群算法的骨性关节炎药物分子对接方法应用研究.pdfVIP

第４１卷 第１期 福州大学学报（自然科学版） Ｖｏｌ．４１Ｎｏ．１ ２０１３年２月 ＪｏｕｒｎａｌｏｆＦｕｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ） Ｆｅｂ．２０１３ ＤＯＩ：１０．７６３１／ｉｓｓｎ．１０００－２２４３．２０１３．０１．００２８ 文章编号：１０００－２２４３（２０１３）０１－００２８－０６ 基于粒子群算法的骨性关节炎药物分子对接方法应用研究 １ １，２ 李惠忠 ，叶少珍 （１．福州大学数学与计算机科学学院，福建 福州　３５０１１６； ２．福建省医疗器械与医药技术重点实验室，福建 福州　３５０００２） 摘要：通过改进分子对接软件ＡｕｔｏＤｏｃｋ的构象搜索算法对治疗骨性关节炎的中药分子进行对接研究．简要分 析分子对接方法的基本原理，建立分子对接数学模型，介绍ＡｕｔｏＤｏｃｋ半经验结合自由能评分函数；将粒子群 算法与自适应局部搜索策略相结合改进了分子对接构象搜索过程；以福建中医大学提供的治疗骨性关节炎的 中药分子实验数据为基础，完成了此算法与拉马克遗传算法、遗传算法以及本课题组使用的蚁群算法在最低 能量值、对接精度以及对接耗时上的比较实验．实验结果验证了粒子群算法应用在对接构象搜索上的有效性． 关键词：分子对接；骨性关节炎函数；粒子群算法；自适应局部搜索 中图分类号：ＴＰ３１９　 文献标识码：Ａ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｒｅｓｅａｒｃｈｏｎｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓｍｅｄｉｃｉｎｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇ ｂａｓｅｄｏｎｐａｒｔｉｃｌｅｓｗａｒｍａｌｇｏｒｉｔｈｍ １ １，２ ＬＩＨｕｉ－ｚｈｏｎｇ，ＹＥＳｈａｏ－ｚｈｅｎ （１．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＭａｔｈｅｍａｔｉｃｓａｎｄＣｏｍｐｕｔｅｒＳｃｉｅｎｃｅ，ＦｕｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｆｕｚｈｏｕ，Ｆｕｊｉａｎ３５０１１６，Ｃｈｉｎａ； ２．ＦｕｊｉａｎＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＭｅｄｉｃａｌＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ＆ＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｆｕｚｈｏｕ，Ｆｕｊｉａｎ３５０００２，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＴｈｅｐａｐｅｒｉｓｔｏｉｍｐｒｏｖｅｔｈｅｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌｓｅａｒｃｈａｌｇｏｒｉｔｈｍｏｆｔｈｅＡｕｔｏＤｏｃｋｗｈｉｃｈｉｓｏｎｅ ｏｆｔｈｅｍｏｓｔｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇｓｏｆｔｗａｒｅ，ｔｏｍａｋｅａｄｏｃｋｉｎｇｒｅｓｅａｒｃｈａｂｏｕｔｔｈｅＣｈｉｎｅｓｅｍｅｄｉｃｉｎｅｍｏｌｅｃ ｕｌａｒｔｈａｔｔｒｅａｔｓｔｈｅｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｔｈｅｐａｐｅｒｄｅｓｃｒｉｂｅｓｔｈｅｂａｓｉｃｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇｍｅｔｈ ｏｄ，ｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｓｔｈｅｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌｍｏｄｅｌｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｄｏｃｋｉｎｇ，ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｓｔｈｅｈａｌｆｅｘｐｅｒｉｅｎｃｅｃｏｍｂｉｎｅｄ ｆｒｅｅｅｎｅｒｇｙｆｕｎｃｔｉｏｎｏｆＡｕｔｏＤｏｃｋ，ｔｈｅｎｃｏｍｂｉｎｅｓｔｈｅｐａｒｔｉｃｌｅｓｗａｒｍａｌｇｏｒｉｔｈｍｗｉｔｈａｄａｐｔｉｖｅｌｏｃａｌ ｓｅａｒｃｈｓｔｒａｔｅｇｙｔｏｉｍｐｒｏｖｅｔｈｅｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎｐｒｏｃｅｓｓ．Ｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｄａｔａｏｆｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ ＣｈｉｎｅｓｅｍｅｄｉｃｉｎｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｐｒｏｖｉｄｅｄｂｙＦｕｊｉａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＴｒａｄｉｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄｉｃｉｎｅ，ｔｈｅｐａｐｅｒ