分子生态学分子标记.ppt

分子生态学 参考书: 1..《Molecular Ecology 》(Second Edition) ( Freeland J. R., Kirk H. and Petersen S.), 2011, Wiley-Blackwell. 2. 《分子生态学》(Bee T.J.C., Rowe G.)(张军丽等译），中山大学出版社，2009。 3.《生物多样性译丛（三）》 中国科学院生物多样性委员会。科学出版社，1997 4《植物分子生态学》 阮成江，何祯祥，周长芳。化学工业出版社，2005 同工酶 1. 同功酶（Isozyme）: 是指同一种酶的多种分子形式，这些不同的分子形式具有相同或相似的底物，催化相同的反应。 2. 等位酶（Allozyme）：由同一基因位点上受不同等位基因来编码的同工酶，即造成同种酶多种分子形式的原因在于编码它们的是同一位点上不同的等位基因。这类特殊的同工酶叫做等位基因同工酶（allele isozyme），简称等位酶(allozyme)。利用同工酶变异作为基因组变异的指标. 等位酶分析的过程 同工酶的遗传学分析 1 酶蛋白的结构 我们常选来作遗传分析的酶都是单体酶、二聚体酶或四聚体酶。因为它们的酶谱比较少，容易分析。对大多数酶的遗传学控制已了解得相当清楚，所以这就允许我们从凝胶上的带谱作出遗传学的推断。 过氧化物酶、脂酶、磷酸酶和肽酶等，其同工酶的数量、位置和四级结构往往是可变的，虽然它们也常常也被用来检查遗传变异性，但这些酶对种群遗传结构和系统发育的分析可能是无用的，因为它们的同源性往往不能肯定。 二倍体的基因型与酶型的关系 等位酶分析的应用 1. 了解自然种群的遗传结构; 2. 探查种群的交配系统和交配类型; 3. 探查种群间的分化程度; 4. 交系分析; 5. 分子生态学其它应用. 等位酶分析方法的优缺点 优点： 1. 等位酶的遗传和表达遵循孟德尔定律,便于遗传学分析; 2. 量化, 可实验,可重复; 3. 不容易饰变; 4. 取材和样品制备简单易行; 5. 结果明解,可比性强. 缺点: 1. 有限种类的酶分析会带来一定的偏差; 2. 所先酶的所有基因未必都能表达在酶谱上; 3.大量的新鲜的活体素构造表示活体取样可能遇到困难; 4.可能有非遗传性的或人为的带干扰酶谱解释; 5. 同一个体不同器官或不同发育时期酶的活性有时可能不一样。 推荐读物 王中仁.1996.植物等位酶分析.北京：科学出版社 DNA分子标记 在遗传学研究中广泛应用的DNA分子标记已经 发展了很多种： （1）是以Southern杂交技术为核心的分子标记，（如RFLP），这类分子标记被称为第一代分子标记。 （2）是以PCR技术为核心的分子标记，（如STS、RAPD、AFLP、SSR）等，这类分子标记被称为第二代分子标记；单核苷酸多态性（SNP）标记被称为第三代分子标记 。它也是以PCR技术为基础的分子标记技术。 几种主要的DNA分子标记 （二）RFLP标记：称为限制性片段长度多态性，是指用某一种限制性内切酶来切割来自不同个体的DNA分子上，内切酶的识别序列有差异，即是由限制性酶切位点上碱基的插入、缺失、重排或点突变所引起的。这种差异反映在酶切片段的长度和数目上。 RFLP标记是发展最早的DNA标记技术。 RFLP技术主要包括以下基本步骤： DNA提取　　　用限制性内切酶酶切DNA 、 　　　用凝胶电泳分开DNA片段　　　把DNA片段转移到滤膜上　　利用放射性标记的探针杂交显示特定的DNA片段（Southern杂交）和结果分析。 特点 A 无表型效应，RFLP标记的检测不受环境条件和发育阶段的影响。 B RFLP标记在等位基因之间是共显性的，因此在配制杂交组合时不受杂交方式的影响。 C 在非等位的RFLP标记之间不存在上位效应，因而互不干扰 D RFLP标记起源于基因组DNA的自身变异，在数量上几乎不受限制 E DNA需要量大，检测技术繁杂，难以用于大规模的育种实践中。在植物分子标记辅助育种中需要将RFLP转换成以PCR为基础的标记。 RAPD （三）RAPD标记 RAPD标记的基本原理是利用合成的随机引物（一般为10个碱基）对基困组DNA进行PCR扩增 ，然后电泳检测PCR产物的多态性。 RAPD标记的主要特点有： （1）不需DNA探针，设计引物也无须知道序列信息； （2）显性遗传（极少数共显性），不能鉴别杂合子和纯合子； （3）技术简便，不涉及分子杂交和放射性自显影等技术； （4）DNA样品需要量少，引物价格便宜，