蛋白质组学与分析技术第一讲.ppt

功能蛋白质组学（functional proteomics） 功能蛋白质组： 细胞在一定阶段或与某一生理现象相关的所有蛋白质。 介于对个别蛋白质的传统蛋白质化学研究和以全部蛋白质为研究对象的蛋白质组学之间。 从局部入手研究蛋白质组的各个功能亚群体；将多个亚群体组合起来，逐步描绘出接近于生命细胞的“全部蛋白质”的蛋白质组图谱。 蛋白质组学强调的是针对蛋白质的一个整体思路，蛋白质组学自其出现起， 就有两种研究策略。 一种可称为“穷尽法”或“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组学研究技术，力图查清生物体内一切蛋白质，这种大规模系统性的策略较为符合蛋白质组学的本质。 另一种策略是“差异法”（也称为“功能法”）它着重于寻找和筛选任何有意义的因素引起的不同样本之间的差异蛋白质谱，试图揭示细胞对此因素的反应途径、进程与本质，同时获得对某些关键蛋白的认识和功能分析。这种方法更趋向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法， 技术上具有更高的可实现性，是目前蛋白质组学在应用上最具前景的领域。 蛋白质组学的研究内容主要有两个方面 结构蛋白质组学和功能蛋白质组学； 结构蛋白质组学主要是蛋白质表达模式的研究，包括蛋白质氨基酸序列分析及空间结构的解析，蛋白质表达模式的研究室蛋白质组学研究的基础内容，主要研究特定条件下某一细胞或组织的所有蛋白质的表征问题； 功能蛋白质组学主要是蛋白质功能模式的研究，包括蛋白质的功能和蛋白质间的相互作用。蛋白质的功能模式的研究是蛋白质组学研究的最终目标，目前主要集中在蛋白质组相互作用网络关系的研究，它是要揭示蛋白质组成员间的相互作用、相互协调的关系，并深层次了解蛋白质的结构与功能的相互关系，以及基因的结构与蛋白质的结构和功能的关系。 978 Cell 136, March 6, 2009 蛋白质组学与分析技术特点 　　　蛋白质组学的发展既是技术所推动的也是受技术限制的。蛋白质组学研究成功与否，很大程度上取决于其技术方法水平的高低。蛋白质研究技术远比基因技术复杂和困难。不仅氨基酸残基种类远多于核苷酸残基（20/4）,而且蛋白质有着复杂的翻译后修饰，如磷酸化和糖基化等，给分离和分析蛋白质带来很多困难。此外，通过表达载体进行蛋白质的体外扩增和纯化也并非易事，从而难以制备大量的蛋白质。蛋白质组学的兴起对技术有了新的需求和挑战。蛋白质组的研究实质上是在细胞水平上对蛋白质进行大规模的平行分离和分析，往往要同时处理成千上万种蛋白质。因此，发展高通量、高灵敏度、高准确性的研究技术平台是现在乃至相当一段时间内蛋白质组学研究中的主要任务。 蛋白质组学与分析技术特点 　内容多：蛋白质组作图、蛋白质组成分鉴定、蛋白质组数据库构建、新型蛋白质发掘、蛋白质差异显示、同工体比较、基因产物识别、基因功能鉴定、基因调控机制分析、细胞周期、细胞分化与发育、肿瘤发生与发展、环境反应与调控、物种进化、新型药物靶分子、人体病理介导分子、病原菌毒性成分、植物信号识别、植物诱导抗性、免疫增产激发子、抗虫蛋白晶体、植物病害毒素、植物致病相关蛋白等等。 　分析技术面广：氨基酸组分、序列测定；SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳；毛细管电泳；高效液相色谱；质谱；液质联仪；毛细管电泳-质谱联用；双向凝胶电泳； 蛋白质芯片；蛋白质生物信息学；蛋白质结构与功能；园二色谱；X光衍射；高能辐射；蛋白质杂交技术；蛋白质酶学技术。 蛋白质组学与分析技术特点 　分析技术面广：氨基酸组分、序列测定；SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳；毛细管电泳；高效液相色谱；质谱；液质联仪；毛细管电泳-质谱联用；双向凝胶电泳； 蛋白质芯片；蛋白质生物信息学；蛋白质结构与功能；园二色谱；X光衍射；高能辐射；蛋白质杂交技术；蛋白质酶学技术。 蛋白质组学研究的最终目标 　　　阐明生命细胞进行代谢、信号传导和调控网络的组织结构和动力学，并理解这些网络如何在病理中失去功能，又如何通过干预如药物和基因改变它们的功能。几乎所有的生理和病理过程，以及药物和环境因子的作用都依赖于蛋白质，并引起蛋白质的变化。反之，对蛋白质组变化的分析也能提供对上述过程或结果的重要信息。蛋白质组的研究不仅为生命活动规律提供物质基础，探索生命奥秘也为某些疾病发生发展机理的阐明和解决途径提供理论根据。 蛋白质组学研究的意义 　　　随着大量DNA序列数据的不断涌现，人们意识到仅仅靠基因组的序列来试图阐明生命现象是远远不够的。蛋白质本身的存在形式和活动规律，如翻译后修饰、蛋白质间相互作用以及蛋白质结构等问题，必须要依赖于对蛋白质组学的研究来解决。蛋白质组学使我们从综合和总体的角度，在分子水平上来研究和把握生命现象，这对于理解生命现象的本质，对于生命科学的每一个分支都将起到强有力的推动作用。任何一种疾病在表现出可察觉的症状之前，就已经有一些蛋白质发生了变化。因此寻