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基于全基因组重测序的基因定位研究;;越来越多的基因组公布;;个体重测序
混合分组分析法(BSA);一、个体重测序挖掘基因及研究功能;在前期研究中将突变基因初步定位在5号染色体的一段4M的区段内,在测序后仅针对这4M的区段进行序列比对,找到了80个变异位点,对这80个变异位点进一步筛选和分析后得到了一个变异位点,正是这个位点的变异导致了性状的改变。;2、目标性状未初定位
有些性状没有经过初定位,就需要在测序完成后在全基因组范围内寻找变异序列,这种情况下可以增加对照物种的数量来消除遗传背景的干扰,排除掉那些常规与性状无关的变异。;混合分组分析法(Bulked Segregant Analysis,BSA)又称分离体分组混合分析法或集团分离分析法,生物信息学中用于QTL或基因定位的一种分析方法。
将目标性状在F2或 BC代中表型极端的高、低两组个体的DNA分别混合成两个 DNA ???,然后利用分子标记在两池中进行标记与性状间的共分离分析,检测QTL。;混合分组分析方法与全群分析法的比较;BSA基本原理;A:表型鉴定;案例一 利用RAD测序快速挖掘SNP并进行遗传定位—BSA三刺鱼、粗糙链孢菌突变体 ;实验材料:
一、三刺鱼
两个存在较大表型差异的三刺鱼亲本进行了杂交,构建由96个个体组成的F2分离群体。侧鳞完整个体60个,侧鳞缺失个体31个;大腹鳍个体67个,小腹鳍个体29个。
二、粗糙链孢菌
通过诱变,从原生型菌株N2977中获得突变株AX7。将AX7与另一个品种的菌株N32杂交,构建F2群体。最终分离出28个突变表型后代,24个野生型后代,将这同种表型的个体混合,构建两个DNA池。
;技术路线;案例二 BSA快速定位水稻基因;QTL-seq技术流程图;RILs群体中QTL-seq的应用;Thanks for your attention!
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