Chapter42酶的结构资料精要.pptVIP

4.4 酶的结构和酶的催化作用机制 酶的催化作用是一个非常复杂的过程，它的催化作用主要取决于酶分子的特殊结构。 4.4.1 酶分子的结构特点 酶的活性部位也叫酶的活性中心，指酶分子上结合底物和将底物转化为产物的区域。 对于不需要辅酶的酶来说，活性中心就是酶分子在三维结构上比较靠近的少数几个氨基酸残基或这些残基上的某些基团，它们在一级结构上相距甚远，甚至位于不同的肽链上，通过盘绕、折叠而在空间构象上相互靠近； 对于需要辅酶的酶来说，辅酶分子或其上的某一部分结构往往就是活性中心的组成部分。 酶的活性中心包括两个功能部位：结合部位和催化部位。 1．结合部位(Binding site) 2.催化部位 catalytic site 酶分子中促使底物发生化学变化的部位称为催化部位。 作用：使底物的价键发生形变或极化，起到激活底物和降低过渡态活化能作用。 催化部位决定了酶所催化的高效性。 酶分子中存在着一些可以与其他分子发生某种程度的结合的部位，从而引起酶分子空间构象的变化，对酶起激活或抑制作用。 调节酶促反应的速率或方向。 4.4.2 酶活性中心的测定方法 酶分子中有些基团若经化学修饰（氧化、还原、酰化、烷化）使其改变，则酶的活性丧失，这些基团称为必需基团。 必需基团与底物分子通过非共价力、质子迁移或形成共价键等方式，起催化作用。 主要包括：亲核性基团：丝氨酸的羟基、半胱氨酸的巯基和组氨酸的咪唑基。 酸碱性基团：门冬氨酸和谷氨酸的羧基，赖氨酸的氨基，酪氨酸的酚羟基，组氨酸的咪唑基和半胱氨酸的巯基等。 2. 酶活性中心的测定方法 （1）切除法：应用专一性蛋白水解酶将酶分子的肽链切除一部分，然后测定其剩余部分的活性。如果仍有活性，则表示被切除的部分中，不包括活性中心。这样，通过多次的排队实验，可以推断出活性中心的可能位置。 （2）化学修饰法：酶活性中心氨基酸残基所含的官能团，如-OH,-SH,-COO-,-NH3+ 和咪唑基等，是多种酶活性中心的必需基团，当这些基团被化学修饰后，酶的活性将降低甚至消失。然后测定修饰后的酶的活性，即可推断位于活性中心的氨基酸残基。 （3）X射线晶体衍射法：是测定酶活性中心最有效的方法。该法能够直接测定酶分子的三维结构。根据酶分子的三维结构及其它有关数据，即可以确定酶活性中心位置、氨基酸种类和空间结构。 （4）基因定点突变技术：应用基因定点突变技术，合成出在特定位点上氨基酸残基不同的酶。通过比较酶的活性，从而推断出活性中心的位置。 4.4.3 酶催化的高效机制 1. 反应物的邻近效应（proximity effect）和定向效应（orientation effect） 邻近效应:在酶促反应中，由于酶和底物分子之间的亲和性，底物分子有向酶的活性中心靠近的趋势，最终结合到酶的活性中心，使底物在酶活性中心的有效浓度大大增加，从而使反应速率大大增加的效应叫做邻近效应。 定向效应：当专一性底物向酶活性中心靠近时，会诱导酶分子构象发生改变，使酶活性中心的相关基团和底物的反应基团正确定向排列，同时使反应基团之间的分子轨道以正确方向严格定位，使酶促反应易于进行。 例如：分子内自催化形成酸酐的反应 2. 酸－碱催化 酸-碱催化可分为狭义的酸-碱催化和广义的酸-碱催化。酶参与的酸-碱催化反应一般都是广义的酸－碱催化方式。 广义酸－碱催化是指通过Br?nsted酸(质子酸)提供部分质子,或是通过Br?nsted碱(质子碱)接受部分质子的作用，达到降低反应活化能的过程。 影响酸碱催化反应速率的因素有两个，即酸或碱的强度（pK值）及质子传递的速率。 酶蛋白质中His 咪唑基的pK值为7.3,因此在接近于生理pH条件下，有一半以酸形式存在，另一半以碱形式存在，即可作为质子供体，又可作为质子受体在酶反应中发挥催化作用。同时咪唑基接受质子和供出质子的速率十分迅速，其半衰期小于10-10 s。 所以，His 是酶的酸碱催化作用中最活泼的一个催化官能团。 咪唑基作为广义酸催化酯水解机制： 咪唑基作为广义碱催化酯水解机制： 3. 共价催化（covalent catalysis） 催化剂通过与底物形成反应活性很高的共价过渡产物，使反应活化能降低，从而提高反应速度的过程，称为共价催化。 酶中参与共价催化的基团主要包括 His 的咪唑基，Cys 的硫基，Asp 的羧基，Ser 的羟基等。 某些辅酶，如焦磷酸硫胺素和磷酸吡哆醛等也可以参与共价催化作用。 4.金属离子催化作用 金属离子可以和水分子的 -OH 结合，使水显示出更大的亲核催化性能。 碳酸酐酶是一种重要的金属酶，它催化二氧化碳变成碳酸根的反应过程如下： CO2 + H2O ? HCO3- + H+ 碳酸酐酶的晶体结构显示，酶所含的Zn2+是一个四面体配价结构，与三个His