2遗传图绘制分析.ppt

第2章 遗传图的绘制 结构基因组的研究策略 为何要绘制遗传图与物理图 克隆重叠群法：contig，指相互间存在重叠顺序的一组克隆。根据重叠顺序的相对位置将各个克隆首尾连接，覆盖的物理长度可达百万级碱基对。在单个的重叠群中，采用鸟枪法测序，然后在重叠群内进行组装。由上至下。 直接鸟枪法：首先进行全基因组鸟枪法测序，再以基因组图的分子标记为起点，将鸟枪法DNA片段进行组装。根据高密度的基因组图分子标记，检测组装片段是否处在正确的位置，校正因重复顺序的干扰产生的序列误排。由下至上 2.1 遗传图谱与物理图谱 1）遗传作图（Genetic mapping）：采用遗传学分析方法将基因或其它DNA序列标定在染色体上构建连锁图。这一方法包括杂交实验，家系分析。遗传图距单位为厘摩(cM), 每单位厘摩定义为1%交换率。 2）物理作图（Physical mapping）：采用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组实际位置。物理图的距离依作图方法而异，如辐射杂种作图的计算单位为厘镭(cR), 限制性片段作图与克隆作图的图距为DNA的分子长度，即碱基对(bp, kb)。 2.1 基因组作图的方法 通过遗传图谱，我们可以大致了解各个基因或DNA片断之间的相对距离与方向，如哪个基因更靠近着丝粒，那个更靠近端粒等 遗传距离是通过遗传连锁分析获得的，使用的DNA厘摩标志越多，越密集，所得到的遗传连锁图的分辨率就越高 遗传图谱不仅是现阶段定位基因的重要手段，即使在人类基因组全物理图谱建立起来之后，它依然是研究人类基因组遗传与变异的重要手段 2.2.1 基因标记 表型（phenotype) ：一个遗传性状必须以两种替换形式或表型存在才能用于遗传学分析 等位基因（allele）：每种表型是由不同的等位基因控制 肉眼分辨的表型：颜色、形状等。如用于果蝇遗传图的构建 生化表型：微生物遗传学研究 2.2.1 基因标记 人类的生化性状 ABO血型 HLA（人类白细胞抗原） 复等位基因（multiple alleles）：人类白细胞抗原（HLA）是最复杂最具多态性的体系，位于6 号染色体 HLA-DRBI（human leukocyte antigens-DRBI）基因位点至少有59个等位基因 HLA-B抗原编码位点有60多个等位基因 遗传标记的发展： 第一代标记 经典的遗传标记（蛋白质和免疫学的标记） 70年代中后期，限制酶片段长度多态性（RFLP） 第二代标记 85年，“小卫星序列（minisatellite） 89年，“微卫星序列（microsatellite） 第三代标记 单核苷酸多态性标记（single nucleotide polymorphism ，SNP） 70年代发展起来的DNA重组技术、DNA克隆技术和DNA探针技术 为拓展遗传图谱的构建途径创造了技术条件 使人类基因定位的方法从细胞及染色体水平过渡到分子水平 DNA水平的多态性标记位点作为绘制现代遗传图谱的主要界标，提高图谱的 精确度、准确性。遗传图谱的绘制进入了一个崭新的时代  现代遗传图谱的概念由Botstein D等(1980)首先提出，在此基础上，限制性片段长度多态性（RFLP）作为遗传图谱的第一代崭新标记得以问世 。 限制性位点能够用作基因标记。广泛应用到基因组研究中。基因或基因组可以用重叠的限制性片段来作图。最终扩展到整个序列，构建连锁图谱 最早发现的DNA分子标记—RFLP：由于同源染色体同一区段DNA序列的差异，当用限制酶处理时，可产生长度不同的限制性片段 RFLP:restriction fragment length polymorphism, 限制性片段长度多态性 RFLP是如何发现的? 在犹他州盐湖城滑雪胜地艾尔塔的一场例行的学术讨论中, 从事经典人类遗传学研究的专家与从事分子生物学研究的专家进行学术交流。分子生物学家从经典遗传学的研究中获得灵感。 David Botstein David Botstein开创核酸限制性片段 长度多态性分析技术，用于标志不同 个体间的基因差别，为后来的人类基 因组计划奠定了基础。 PRINCETON, N.J. -- Princeton University has named David Botstein, a renowned geneticist, educator and pioneer of the Human Genome Project, as the new director of the Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics. 第1篇有关人类RFLP实验论文 A Highly Polymo