《这个主要是我根据以往师兄的毕业论文,文献中的,》.docVIP

??? 这个主要是我根据以往师兄的毕业论文，文献中的，软件说明书，在网上搜索得到的以及我自己在使用中的一些注意事项，总结汇编了一下，如有雷同，请诸位高抬贵手哦，不要追究版权责任！ ??? ???????? 软件自带的“快速开始指南（Quick Start Tutorial）”只提供了简单的进化树构建程序。本文根据附带的命令帮助文件，对软件的使用方法进行了摸索，总结出一套简便可靠的处理步骤： 1.???????? 软件启动和数据执行：PAUP*软件启动后即弹出一个对话框要求输入一个比对后*.nex文件，并且可以让用户选择“Edit”和“Execute”两种不同的模式。前者是对比对序列矩阵进行修改，后者则直接将矩阵调入内存待处理，并且显示这个数据设置的一些信息，如这个矩阵的维数和数据类型、数据来源等。 执行命令：选择File Execute “文件名.nex” 2.???????? 开始日志记录：在PAUP*决议的任何时候都可以开始和停止日志记录。 开始记录：选择File Log Output to Disk…… 如果要停止日志记录，则可以再次执行这个命令。 3.???????? 显示数据详细信息：PAUP*的cstatus命令将显示关于当前元素状态的总结（如类型，权重等等）。如果打开记录，显示在屏幕上的总结信息也会被保存在日志文件中。如果仅仅显示简明信息，也可以选择去显示分类（t