第九章人工合成酵母基因组(一)技术分析.pptx

人工基因组的设计与合成; Synthetic Yeast 2.0;第九章 人工合成酵母基因组;1 酿酒酵母简介 2 酿酒酵母基因组结构特点 3 酵母基因命名法 4 人工设计基因组的原则 5 人工合成基因组的技术 ;1 酿酒酵母简介;1 酿酒酵母简介;1 酿酒酵母简介;1 酿酒酵母简介;1 酿酒酵母简介;1 酿酒酵母简介;1 酿酒酵母简介;1 酿酒酵母简介;酿酒酵母是1996年完成全基因组测序，第一个完成基因组测序的真核生物。 酿酒酵母的基因组包含大约1200万碱基对，分成16组染色体，共有6275个基因，其中可能约有5800个已知功能基因。;酿酒酵母的单倍体细胞含16条染色体，总长度为12Mb，其中第I条最短，第IV条最长。 基因组中没有明显的操纵子结构，有间隔区和内含子。 酿酒酵母染色体基因组中，ORF大约占整个基因组的70%基因间平均间隔为600bp。 酿酒酵母中约4%编码蛋白质的基因含有内含子。;2 酿酒酵母基因组结构特点;2 酿酒酵母基因组结构特点; 染色体结构 ; 着丝粒centromere 染色体中将两条姐妹染色单体结合起来的区域，由无编码意义的高度重复DNA序列组成。 一般位于染色体的主缢痕或染色体端部，使姐妹染色单体连在一起。 着丝粒种类 短着丝粒（点着丝粒）：约200bp 酵母 区域着丝粒：序列较长（从40kb至几Mb），含有很多重复序列; 酵母着丝粒 ; 端粒Telomere 真核细胞内线性染色体末端的一种特殊结构，由DNA简单重复序列以及同这些序列专一性结合的蛋白质构成 在大多数生物中，端粒DNA只由几个碱基组成的DNA重复单位通过串联重复而形成的，长度从20bp至几kb不等。 酿酒酵母端粒DNA长约为300bp，其重复单位为 5’ C1－3A 3’ G1－3T ; 复制起点 酵母的复制起点是指染色体上控制DNA复制起始的一小段DNA序列，通常称为自主复制序列（ARS，autonomously replicating sequence ）。 自1979年首次发现酿酒酵母的ARS以来，已在酿酒酵母中发现约有400个ARS，但这些ARS使用频率不同，差异十分巨大。 ; 自主复制序列ARS的结构 酿酒酵母中，ARS是长度为100-200bp、富含AT的DNA片段。 根据其在质粒中的稳定性，可将ARS分为A、B、C三个结构域，其中A和B最为重要。 A区：由11bp核苷酸（A/T）TTTAT(A/G)TTT(A/T）组成的保守序列，即ARS共有序列。 B区：位于ARS的3末端，长度约80bp。 C区：结构域位于ARS的5末端，这一结构域也是富含AT，但C结构域之间不具有同源性，也不含共有序列。; 不同物种基因/蛋白命名法并不相同 大肠杆菌：hisG 人类：p38 酵母：URA3 酿酒酵母基因名称 系统名：基因在染色体上的位置 标准名(Standard Name)：基因功能描述; 酿酒酵母基因命名原则 URA3基因 系统名：YEL021W 标准名：URA3（URAcil requiring）; 酿酒酵母基因/蛋白质书写原则 基因名 需要斜体 细胞中存在该基因：大写斜体 URA3 细胞中该基因缺失：小写斜体 ura3 或 ura3△ 细胞中该基因突变：小写斜体带编号 ura3-1 蛋白名称为正体 大写正体：URA3 首字母大写，后两位小写：Ura3 首字母大写，后两位小写，最后加p：Ura3p; 酿酒酵母基因/蛋白质书写原则 实验室常用酵母野生型菌株 BY4741： MATa; his3△; leu2△; met15△; ura3△ BY4742： MATα; his3△; leu2△; lys2△; ura3△ BY4743：?MATa/α; his3△/his3△; leu2△ /leu2△; lys2△ /LYS2; MET15/met15△; ura3△ /ura3△ W303a： MATa; leu2-3112; trp1-1; can1-100; ura3-1; ade2-1; his3-11,15 ; 酿酒酵母基因信息查询 SGD： / ; 如何??定酵母基因的ORF？ 起始密码子：ATG 终止密码子：UAG, UAA, UGA;4 人工设计基因组原则;4.1 人工设计基因组原则;4.1 人工改造基础;4.2 删除与移位;4.2 删除与移位;4.2 删除与移位;4.3 替换;4.3 替换;4.3 替换;4.4 引入新序列;4.4 引入新序列;4.4 引入新序列;4.4 引入新序列;4.4 引入新序列;4.4 引入新序列;4.4 引入新序列;