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基因芯片技术概要 作者：张发宝 本文来源：生物谷 生物科学正迅速地演变为一门信息科学。最明显的一个例子就是目前正在进行的HGP（human genome project），最终要搞清人类全部基因组的30亿左右碱基对的序列。除了人的遗传信息以外，还有其它生物尤其是模式生物 model organism）已经或正在被大规模测序，如大肠杆菌、啤酒酵母、秀丽隐杆线虫以及中国和日本科学家攻关的水稻基因组计划。但单纯知晓生物基因组序列一级结构还远远不够，还必须了解其中基因是怎样组织起来的，每个基因的功能是什么，又是怎样随发育调控和微环境因素的影响而在特定的时空域中展开其表达谱的，即我们正由结构基因组时代迈入功能基因组时代。随着这个功能基因组学问题的提出（后基因组时代，蛋白组学）[1] ，涌现出许多功能强大的研究方法和研究工具，最突出的就是细胞蛋白质二维凝胶电泳（2-D-gel）（及相应的质谱法测蛋白分子量）和生物芯片（Biochip）技术 [2] 。 一．什么是基因芯片生物芯片，简单地说就是在一块指甲大小（1cm3）的有多聚赖氨酸包被的硅片上或其它固相支持物（如玻璃片、硅片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等，但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟基或氨基（视所要固定的分子为核酸或寡肽而定）并与保护基建立共价连接；作点样用的支持物为使其表面带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子，通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等）将生物分子探针（寡核苷酸片段或基因片段）以大规模阵列的形式排布，形成可与目的分子（如基因）相互作用，交行反应的固相表面，在激光的顺序激发下标记荧光根据实际反应情况分别呈现不同的荧光发射谱征， CCD 相机或激光共聚焦显微镜根据其波长及波幅特征收集信号，作出比较和检测，从而迅速得出所要的信息。生物芯片包括基因芯片、蛋白质芯片、组织芯片。而基因芯片中，最成功的是 DNA 芯片，即将无数预先设计好的寡核苷酸或 cDNA 在芯片上做成点阵，与样品中同源核酸分子杂交 [3] 的芯片。基因芯片的基本原理同芯片技术中杂交测序（ sequencing by hybridization, SBH ）。即任何线状的单链DNA或RNA序列均可被分解为一个序列固定、错落而重叠的寡核苷酸，又称亚序列（ subsequence ）。例如可把寡核苷酸序列 TTAGCTCATATG 分解成5个8nt亚序列： (1) CTCATATG (2) GCTCATAT (3) AGCTCATA (4) TAGCTCAT (5) TTAGCTCA 　　 这 5 个亚序列依次错开一个碱基而重叠7个碱基。亚序列中 A 、 T 、 C 、 G 4 个碱基自由组合而形成的所有可能的序列共有 65536 种。假如只考虑完全互补的杂交，那么 48 个 8 nt 亚序列探针中，仅有上述 5 个能同靶 DNA 杂交。可以用人工合成的已知序列的所有可能的 n 体寡核苷酸探针与一个未知的荧光标记 DNA/RNA 序列杂交，通过对杂交荧光信号检测，检出所有能与靶 DNA 杂交的寡核苷酸，从而推出靶 DNA 中的所有8nt亚序列，最后由计算机对大量荧光信号的谱型（pattern）数据进行分析，重构靶 DNA 的互补寡核苷酸序列。 二．芯片类型一般基因芯片按其材质和功能，基本可分为以下几类 [4] ：( 一 ) 元件型微阵列芯片1 生物电子芯片2 凝胶元件微阵列芯片3 药物控释芯片 ( 二 ) 通道型微阵列芯片1 毛细管电泳芯片2 PCR 扩增芯片3 集成 DNA 分析芯片4 毛细管电层析芯片 ( 三 ) 生物传感芯片1 光学纤维阵列芯片2 白光干涉谱传感芯片 小鼠基因表达谱芯片 (MGEC)附 : 目前国内基因芯片常见品种 .( 上海博星公司 ) 芯片品种 芯片点数 MGEC-20S 2000 MGEC-40S 4000 MGEC-80S 8000 癌症相关基因表达谱芯片 (CRGEC) 分类 芯片型号 芯片点数 肝癌相关基因表达谱芯片 LiverC-16S 1626 LiverC-16D 3252 LiverC-9.5NS 954 LiverC-9.5ND 1908 肺癌相关基因表达谱芯片 LungC-7.3S 737 LungC-7.3D 1474 人类基因表达谱芯片 (HGEC) 芯片品种 芯片点数 HGEC-10S 1024 HGEC-10D 2048 HGEC-20S 2048 HGEC-20D 4096 HGEC-40S 4096 HGEC-40D 8192 HGEC-80S 819